Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha doméstica.

• Main Author: Rangel, Luiz Thibério Lira Diniz
• Other Authors: Gruber, Arthur
• Format: Others
• Language: pt
• Published: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP 2012
• Subjects: Eimeria; Annotation of sequences; Anotação de sequências; Aves domésticas; Bioinformática; Bioinformatics; Genetic sequencing; Ortologia de sequências; Poultry; Sequence ortologia; Sequenciamento genético
• Online Access: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/42/42135/tde-29052012-081258/

Parasitas protozoários do gênero Eimeria causam doenças entéricas na galinha doméstica. Nosso grupo gerou 15.000 sequências ORESTES para cada uma das três mais importantes espécies: E. tenella, E. maxima e E. acervulina. Nesse trabalho relatamos o desenvolvimento de alguns componentes da plataforma EGene (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) e sua aplicação na anotação funcional de transcritos reconstruídos de Eimeria spp. Análises de ortologia identificaram genes conservados em diferentes parasitas apicomplexas, bem como genes restritos ao gênero Eimeria. Perfis de expressão digital obtidos de contagens de leituras de transcritos montados foram submetidos a análises de agrupamento. Os perfis foram inequivocamente associados com os distintos estágios de desenvolvimento e mostraram uma forte correlação com a ordem desses estágios no clico de vida dos parasitas. Todos os dados de sequenciamento, anotação e análise comparativa foram disponibilizados no portal público The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb). === Protozoan parasites of the genus Eimeria cause enteric diseases in the domestic fowl. Our group has generated 15,000 ORESTES sequences for each one of the three most important species: E. tenella, E. maxima and E. acervulina. In the present work, we report the development of some components for EGene platform (Durham et al. Bioinformatics 21: 2812-2813, 2005) and their application in the functional annotation of reconstructed transcripts of Eimeria spp. Orthology analyses have identified genes conserved across different apicomplexan parasites, as well as genes restricted to the genus Eimeria. Digital expression profiles obtained from read countings of the assembled transcripts were submitted to clustering analyses. The profiles were unambiguously associated with the distinct developmental stages and strongly correlated with the order of the stages in the parasite life cycle. All sequencing data, annotation and comparative analysis were made available at The Eimeria Transcript Database (http://www.coccidia.icb.usp.br/eimeriatdb), a public web resource.