| Summary: | Σκοπός της έρευνας ήταν να μελετήσουμε την επίδραση της θερμοκρασίας στο ολικό μεταγράφωμα νυμφών zebrafish (Danio rerio, Hamilton 1822), θέλοντας να εστιάσουμε το ενδιαφέρον μας στη διερεύνηση μηχανισμών και μορίων που εμπλέκονται στο φυλοκαθορισμό του συγκεκριμένου ψαριού. Kατορθώσαμε να επιδράσουμε με τρεις διαφορετικές θερμοκρασίες σε μία θερμοκρασιακά ευαίσθητη οντογενετική περίοδο, η οποία οριοθετείται από την 10 έως την 20dpf. Η επιλογή των θερμοκρασιών έγινε με σημείο αναφοράς τους 28 ºC, η οποία είναι η πρότυπη θερμοκρασία ανάπτυξης των zebrafish. Η μελέτη της επίδρασης της θερμοκρασίας επιτεύχθη με διατήρηση των πειραματικών μας πληθυσμών σε θερμοκρασίες που αποκλίνουν κατά 4-6 ºC από την πρότυπη, δηλαδή στους 32 ºC και 22 ºC αντίστοιχα. Ως εκ τούτου, ολόκληρος ο πειραματικός πληθυσμός αναπτύχθηκε στη πρότυπη θερμοκρασία των 28 ºC μέχρι και την 10 dpf, όπου μετά την πάροδο της χωρίστηκε σε τρεις υπoπληθυσμούς καθένας από τους οποίους εκτέθηκε στους 22 ºC, 28 ºC ή 32 ºC αντίστοιχα για 280 θερμοημέρες (χρονική περίοδος :10-20dpf). Ακολούθησε δειγματοληψία (100 περίπου ατόμων) από κάθε υποπληθυσμό και εν συνεχεία πραγματοποιήθηκε απομόνωση ολικού RNA. Τα δείγματα μας υβριδοποιήθηκαν σε microarrays, τα οποία έφεραν αντιπροσωπευτικές αλληλουχίες για 15.500 γονίδια του zebrafish. Τα δεδομένα επεξεργάστηκαν με τη χρήση δυο εξειδικευμένων βιοπληροφορικών προγραμμάτων, τα Biosystanse και Dchip, με τη βοήθεια των οποίων συγκρίθηκαν οι εξής καταστάσεις: 10dpf _28 ºC με 20dpf _28 ºC, η οποία αποτελεί την αναπτυξιακή σύγκριση ώστε να ελέγξουμε γονίδια των οποίων η έκφραση αυξάνεται ή ελαττώνεται στα δυο αυτά στάδια αλλά και 20dpf_22 ºC με 20dpf_32 ºC, 20dpf_22 ºC με 20dpf_28 ºC και 20dpf_28 ºC με 20dpf_32 ºC, ώστε να παρατηρηθεί η επίδραση του περιβαλλοντικού παράγοντα ″θερμοκρασία″ στο μεταγράφωμα των ιχθυδίων. === The purpsose of this research was to analyse how temperature effects the total trascriptome at juvenile zebrash (Danio rerio, Hamilton 1822). So, we focus our investigation in the inspection of mechanisms and molecules which probably associated with the sex determination at this specific type of fish. We militated in the thermosensitive ontogenetic period ( from 10 to 20 days post fertilization) with three different temperatures. These three temperatures were 22, 28 and 32οC. Exemplary temperature for zebrafish is 28οC (environmental temperature). Initially, experimental population grew up to 28οC until the 10th day post fertilization. After this temporal period, population separated to three smaller experimental populations which of them grew up to 22, 28 and 32οC respectively for 280 thermodays ( chronic period: 10-20dpf). The next step was sampling (about 100 fish from each experimental population) and then isolating total RNA from each one of the samples. Total RNA samples hybridized on microarrays. Microarrays contained complementary sequences for about 15.500 genes of zebrafish genome. The data analyzed with two specific bioinformatics programs, Biosystance and Dchip. The use of these bioinformatics programs helped us comparing the following situations: 10dpf _28 ºC to 20dpf _28 ºC (developmental comparison) over and above 20dpf_22 ºC to 20dpf_32 ºC, 20dpf_22 ºC to 20dpf_28 ºC and 20dpf_28 ºC to 20dpf_32 ºC (temperature comparison).
|
|---|
