Διερεύνηση της βάσης βιολογικών δεδομένων COGENT για την πρόσθεση πληροφοριών βιβλιογραφικής ύλης και πληροφοριών νουκλεοτιδικής αλληλουχίας (DNA)

• Main Author: Χριστοπούλου, Δέσποινα
• Other Authors: Λυγερού, Ζωή
• Language: gr
• Published: 2009
• Subjects: Βάσεις βιολογικών δεδομένων; Γενωμική; 572.802 85; Biological databases; Genomics
• Online Access: http://nemertes.lis.upatras.gr/jspui/handle/10889/2013

Σήμερα υπάρχει ελεύθερη πρόσβαση μέσω του internet σε εκατοντάδες δημόσιες βάσεις βιολογικών δεδομένων. Παραταύτα, η προσπάθεια του να εκμεταλλευτεί κάποιος τα αποθηκευμένα δεδομένα ανομοιογενών βάσεων δεδομένων, καταλήγει να αποτελεί μια διαδικασία ιδιαίτερα δύσκολη και χρονοβόρα λόγω ποικίλων αιτιάσεων. Στις αιτίες αυτές συμπεριλαμβάνονται ο χαοτικός όγκος των βιολογικών δεδομένων, ο ολοένα αυξανόμενος αριθμός βιολογικών βάσεων δεδομένων, η υπεραφθονία τύπων και μορφών δεδομένων (format), η ποικιλομορφία βιοπληροφορικών τεχνικών πρόσβασης στα δεδομένα και βέβαια η διαφορετικότητα των βάσεων βιολογικών δεδομένων. Χάρη στις διεθνείς προσπάθειες ολοκλήρωσης αλληλουχιών (sequencing), οι ομάδες γονιδιακών δεδομένων έχουν αυξηθεί γεωμετρικά την τελευταία δεκαετία. Το έτος 2003 για παράδειγμα, η βάση βιολογικών δεδομένων Genbank διπλασιάστηκε σε μέγεθος μέσα σε 15 μήνες. Με τόσο γρήγορη ανάπτυξη, τα γενωμικά δεδομένα και οι συνδεόμενες με αυτά δομές έχουν αποκτήσει τεράστιο μέγεθος για να χωρέσουν στην κεντρική μνήμη ενός υπολογιστή. Το σημαντικότερο πρόβλημα που ανακύπτει έγκειται στο ότι μεγάλο μέρος της πληροφορίας που αναζητείται μέσα στο τεράστιο και ολοένα αυξανόμενο σε μέγεθος ορυχείο των δεδομένων εν τέλει χάνεται. Η ανάγκη κατασκευής των κατάλληλων εργαλείων εξ’ όρυξης της ζητούμενης πληροφορίας από το ορυχείο αυτό είναι μονόδρομος. Η παρούσα διπλωματική εργασία επικεντρώνεται στην διεύρυνση μιας υπάρχουσας βάσης βιολογικών δεδομένων ολοκληρωμένων γονιδιωμάτων, της COGENT. Η COGENT αναπτύχθηκε το 2003 από την Ομάδα Υπολογιστικής Γενωμικής (Computational Genomics Group – CGG), στο Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (European Bioinformatics Institute – EBI), και τελικός τεχνικός στόχος της διπλωματικής εργασίας αποτελεί η προσθήκη βιβλιογραφικών δεδομένων καθώς και νουκλεοτιδικών πληροφοριών αλληλουχίας (DNA) στην βάση COGENT. === Today, hundreds of public biological databases are accessible via the Internet However taking advantage of data stored in heterogeneous biological databases can be a difficult, time consuming task for a multitude of reasons. These reasons include the vast volume of biological data, the growing number of biological databases, the rapid rate in the growth of data, the overabundance of data types and formats, the wide Variety of bioinformatics data access techniques, and database heterogeneity. Thanks to international sequencing efforts, genome data sets have been growing exponentially in the past few years. The GenBank database, for example, has doubled every 15 months. With such a rapid growth, genome data and the associated access structures have become too large to fit in the main memory of a computer, leading to a large number of disk accesses (and therefore, slow response times) for homology searches and other queries. Much of the important information in this enormous and exponentially growing gold mine will be wasted if we do not develop proper tools to access and mine them efficiently. The focus of this thesis was to extend an existing biological database for the complete tracking of genomes, the COGENT database, which the Computational Genomics Group at the European Bioinformatics Institute in Cambridge produced in 2003, so that it can incorporate literature and DNA sequence information.