| Summary: | Les Ecdysozoaires sont des organismes caractérisés par une croissance discontinue composée de plusieurs stades morphologiques séparés par des mues. Parmi eux, certains groupes présentent un intérêt épidémiologique important en santé humaine et/ou animale, notamment les nématodes parasites gastro-intestinaux des ruminants et les phlébotomes vecteurs de leishmanies, qui font l’objet de ce travail. L’étude de la systématique de tels organismes constitue un élément de base essentiel à toute recherche appliquée à la biodiversité, l’écologie et la physiologie, ainsi qu’à leurs relations avec les autres acteurs de leur cycle biologique. Pourtant, l’identification morphologique de certaines espèces s’avère délicate voire impossible étant donnés les stades de croissance, le dimorphisme sexuel et l’existence de morphes, de complexes d’espèces, d’espèces jumelles et d’hybrides, ne concordant pas toujours avec la définition biologique de l’espèce. L’essor de la biologie moléculaire offre un panel d’outils performants au service de la systématique par l’étude de la variabilité génétique. L’objectif de la thèse est de répondre à des problématiques rencontrées en systématique (phylogénie, taxonomie, histoire évolutive d’une espèce) en étudiant la variabilité génétique de ces organismes, à l’aide d’outils moléculaires appropriés. Ce travail a permis la résolution de cas d’études concrets tels que l’inférence d’une phylogénie, l’identification d’espèces proches et l’étude de la variabilité génétique intraspécifique, pour suivre les flux de gènes et en déduire la structure génétique de populations, afin de mieux appréhender l’espèce, son histoire et son évolution dans son environnement. === Ecdysozoans are organisms characterized by discontinuous growth composed of several morphological stages separated by moults. Among them, some groups have a significant epidemiological interest in human and/or animal health, including the gastrointestinal nematodes, parasites of ruminants and phlebotomine sandflies, vectors of Leishmania, which which we focus on. The study of the systematics of such organisms is an essential basic element of any research applied to biodiversity, ecology and physiology, as well as to their relationships with other actors in their life cycle. However, the morphological identification of some species is difficult or even impossible given the stages of growth, sexual dimorphism and the existence of morphs, species complexes, sibling species and hybrids, not concordant always with the biological definition of the species. The rise of molecular biology offers a range of powerful tools for systematics by studying genetic variability. The aim of the thesis is to answer the problems encountered in systematics (phylogeny, taxonomy, evolutionary history of a species) by studying the genetic variability of these organisms, using appropriate molecular tools. This work allowed the resolution of concrete case studies such as the inference of a phylogeny, the identification of closely related species and the study of intraspecific genetic variability, to follow gene flow and deduce the structure population genetics, to better understand the species, its history and its evolution in its environment.
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