Framtagning av unika gemensamma sekvenser hos koagulasnegativa stafylokocker

• Main Authors: Mattisson, Jonas, Gräsberg, Sofia, Rydberg Öhrling, Sara, Al-Jaff, Mohammed, Molin, Iris, Sandström, Eric
• Format: Others
• Language: Swedish
• Published: Uppsala universitet, Institutionen för biologisk grundutbildning 2016
• Subjects: Bioinformatics (Computational Biology); Bioinformatik (beräkningsbiologi)
• Online Access: http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-295974

I följande rapport kommer vi ta upp hur vi löste problemet med att hitta gemensamma sekvenser hos en mängd koagulasnegativa stafylokocker (KNS) för att bl.a. kunna skilja dem ifrån dess släkting Staphylococcus aureus (S. aureus). Problemet har sin grund i att projektbeställaren, Q-linea, vill kunna identifiera infekterande bakterier i fall av blodsjukdomen sepsis. Vi kunde dessvärre inte hitta sekvenser som fungerade för alla våra utvalda stafylokocker. Däremot lyckades vi hitta flera sekvenser som parvis fungerade tillsammans för att urskilja stafylokockgruppen mot S. aureus. För att utföra alla jämförelser konstruerade och implementerade vi en bioinformatisk pipeline med en tredelad optimeringsmetod för att göra de tunga beräkningarna snabbare.