| Summary: | Abstrakt: Sepsis (blodförgiftning) är ett livshotande tillstånd som innebär att bakterier eller svampar tar sig in i blodbanan. Det sker ofta genom njurarna, lungorna eller sår i skadad hud. Symptom innefattar feber och allmän sjukdomskänsla. Positiva blododlingar prepareras och analyseras med Matrix assisted laser desorption ionisation time-of-flight (MALDI-TOF MS) där blandas preparerade prov med matrix och bestrålas sedan med en laser. Bestrålningen medför att proteinerna i provet joniseras och rör sig mot en detektor. Proteinerna detekteras som ett spektrum som i sin tur jämförs med ett referensspektrum av en känd bakterie/svamp som finns lagrat i en databas. Dessutom erhålls ett score-värde över hur väl provet liknar ett referensprov. Arbetets syfte var att se vilken provberedningsmetod som gav ett tillförlitligt resultat i MALDI-TOF och ett bra score-värde för identifiering av bakterier till art-nivå på kortast tid. Preparationsmetoderna innefattar rening av blod från röda blodkroppar och andra partiklar som stör MALDI TOF-instrument. Metoderna jämfördes med nuvarande Saponinmetod. Två av metoderna (Ferroni och Huang) gav dåliga resultat och jämförelsen avbröts efter två försök. Ett kommersiellt kit Sepsityper extraktion gav bra resultat där 79 % av analyserna gav identifiering till art-nivå. Motsvarande resultat med saponin-metoden var 33 %. Slutsatsen är att Sepsityper-extraktion-metoden gav betydligt bättre resultat än nuvarande Saponin-metod. Metoden var robust, användarvänlig, snabb och gav bra resultat både för gramnegativa och grampositiva bakterier. === Abstract: Sepsis (blood poisoning) is a life-threatening condition caused by bacteria or fungi entering the bloodstream. Pathogens often again access through the kidneys, lungs or wounds in damaged skin. Symptoms include fever, chills and general feeling of illness. Positive blood cultures are prepared and analyzed with Matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight (MALDI-TOF MS) prepared samples are mixed with matrix and then irradiated with laser beam. The laser beam will be directed to each position in the MALDI plate that causes the proteins in the sample to ionize and move towards a detector. The protein pattern is presented in a spectrum that is compared with a reference spectrum of known bacteria / fungi, stored in a database. In addition, a score value was obtained on how well the sample is aligned to the reference sample. The aim of this study was to compare three methods in order to achieve the best score value for identification to species level. The time factor was also important. The preparation methods include purification of blood removing red blood cells and other particles that interfere with MALDI analysis. The methods were compared with the current Saponinmethod. The results of two methods (Ferroni and Huang) were not satisfactory and further comparison was interrupted after two experiments. A commercial kit Sepsityper with extraction gave good results with 79 % identification to species level. Corresponding results for the current Saponin-method was 33 %. In conclusion, the Sepsityper-extraction-method was superior to the current Saponin-method. The method was robust, user-friendly, rapid and gave good results from both gramnegative and grampositive bacteria.
|
|---|
