Investigation of Pathway Analysis Tools for mapping omics data to pathways

• Main Author: Konrad, Attila
• Format: Others
• Language: English
• Published: Malmö högskola, Fakulteten för teknik och samhälle (TS) 2014
• Subjects: Biochemistry; Cardiovascular disease; Database; Genomics; Lipids; Lipidomics; Metabolomics; PAT; Technology; Engineering and Technology; Teknik och teknologier
• Online Access: http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:mau:diva-20843

Detta examensarbete granskar analysverktyg ur ett tvärvetenskapligt perspektiv. Det finns en hel del olika analysverktyg idag som analyserar specifika typer av omik data och därför undersöker vi hur många det finns samt vad de kan göra. Genom att definiera ett antal specifika krav såsom hur många typer av omik data den kan hantera, noggrannhet av verktygets analys så kan man se vilka som är mest lämpliga analysverktygen när det gäller kartläggning av omik data. Resultaten visar att det idag inte finns analysverktyg som uppfyller de specifikt angivna kraven eller huvudsyftet genom testning av programvaran. Ingenuity analysverktyget är det närmaste vi kan komma för de krav som vi söker. På begäran av slutanvändaren testades två analysverktyg för att se om en kombination av dessa kan uppfylla slut användarens krav. Analysverktyget Uniprot batch converter testas med FEvER men resultat är inte framgångsrikt, då kombinationen av dessa verktyg inte är bättre än Ingenuity analysverktyget. Fokus vänds mot en alternativ kombination som är en hemsida och heter NCBI. Hemsidan har en sökmotor kopplad till flera olika analysverktyg som är gratis att använda. Genom sökmotorn kan ”omik” data kombineras och mer än ett inmatat värde kan hanteras i taget. Eftersom tekniken snabbt går framåt innebär det däremot att nya analysverktyg behövs för data hantering och inom en snar framtid så har vi kanske ett analysverktyg som uppfyller kraven av slutanvändarna. === This thesis examines PATs from a multidisciplinary view. There are a lot of PAT's existing today analyzing specific type of omics data, therefore we investigate them and what they can do. By defining some specific requirements such as how many omics data types it can handle, the accuracy of the PAT can be obtained to get the most suitable PAT when it comes to mapping omics data to pathways. Results show that no PATs found today fulfills the specific set of requirements or the main goal though software testing. The Ingenuity PAT is the closest to fulfill the requirements. Requested by the end user, two PATs are tested in combination to see if these can fulfill the requirements of the end user. Uniprot batch converter was tested with FEvER and results did not turn out successfully since the combination of the two PATs is no better than the Ingenuity PAT. Focus then turned to an alternative combination, a homepage called NCBI that have search engines connected to several free PATs available thus fulfilling the requirements. Through the search engine “omics” data can be combined and more than one input can be taken at a time. Since technology is rapidly moving forward, the need for new tools for data interpretation also grows. It means that in a near future we may be able to find a PAT that fulfills the requirements of the end users.