Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats

Biologists and physicians study complex biologic phenomena in which they use advanced imaging methods. They acquire images containing a lot of information which must be extracted in a correct way. This requires computer skills and knowledge in image processing methods which they seldom have. To over...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Kraft, Sandra
Format: Others
Language:English
Published: KTH, Skolan för teknik och hälsa (STH) 2016
Subjects:
Online Access:http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-190994
id ndltd-UPSALLA1-oai-DiVA.org-kth-190994
record_format oai_dc
spelling ndltd-UPSALLA1-oai-DiVA.org-kth-1909942019-09-12T04:31:28ZRoutine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of RatsengRutinutveckling för artefaktkorrigering och informationsextrahering från diffusionsviktade eko-plana bilder av råttaKraft, SandraKTH, Skolan för teknik och hälsa (STH)2016Image ProcessingRatsRoutineArtefact correctionDiffusion Weighted ImagingEcho Planar ImagingBildprocessningRåttaRutinArtefaktkorrigeringDiffusionsviktningEko-planarteknikMedical EngineeringMedicinteknikBiologists and physicians study complex biologic phenomena in which they use advanced imaging methods. They acquire images containing a lot of information which must be extracted in a correct way. This requires computer skills and knowledge in image processing methods which they seldom have. To overcome the problem, this master thesis aimed to develop a routine for artefact correction and information extraction from images acquired in a research project at the Karolinska Institutet in Stockholm. By developing the routine, the thesis showed how software developed for images of human can be applied to images of rats. The routine handles formatting issues and artefact corrections, calculates diffusion metrics, and performs statistical tests on spatially aligned magnetic resonance images of rats acquired with diffusion weighted echo planar imaging. The routine was verified by analysing the images that it had processed and was considered to create reliable images. Future studies within the field should focus on developing atlases of rats and continue the work with identifying how software developed for images of human can be applied to images of rats.  Biologer och läkare studerar komplexa biologiska processer för vilket de använder avancerade bildgivande metoder. De samlar bilder som innehåller mycket information vilken måste extraheras på ett korrekt sätt. Detta kräver god datorvana och kunskaper inom bildprocessning, vilket de sällan har. För att komma runt problemet, syftade den här masteruppsattsen till att utveckla en rutin för artefaktkorrigering och informationsextrahering från bilder tagna i ett forskningsprojekt vid Karolinska Institutet i Stockholm. Genom att utveckla rutinen, visar uppsattsen hur mjukvaror utvecklade för bilder av människa kan appliceras på bilder av råtta. Rutinen hanterar formatteringsproblem och artefaktkorrigering, beräknar diffusionsmått, och utför statistiska tester på spatiellt matchade magnetresonansavbildningar tagna med diffusionsviktade ekoplana metoder. Rutinen verifierades genom att analysera bilder som den processat och det konstaterades att den skapar korrekta bilder. Framtida studier inom området bör fokusera på att utveckla atlaser av råttor och fortsätta identifieringen av hur mjukvaror utvecklade för bilder av människa kan appliceras på bilder av råtta.  Student thesisinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesistexthttp://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-190994TRITA-STH ; 2016:75application/pdfinfo:eu-repo/semantics/openAccess
collection NDLTD
language English
format Others
sources NDLTD
topic Image Processing
Rats
Routine
Artefact correction
Diffusion Weighted Imaging
Echo Planar Imaging
Bildprocessning
Råtta
Rutin
Artefaktkorrigering
Diffusionsviktning
Eko-planarteknik
Medical Engineering
Medicinteknik
spellingShingle Image Processing
Rats
Routine
Artefact correction
Diffusion Weighted Imaging
Echo Planar Imaging
Bildprocessning
Råtta
Rutin
Artefaktkorrigering
Diffusionsviktning
Eko-planarteknik
Medical Engineering
Medicinteknik
Kraft, Sandra
Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats
description Biologists and physicians study complex biologic phenomena in which they use advanced imaging methods. They acquire images containing a lot of information which must be extracted in a correct way. This requires computer skills and knowledge in image processing methods which they seldom have. To overcome the problem, this master thesis aimed to develop a routine for artefact correction and information extraction from images acquired in a research project at the Karolinska Institutet in Stockholm. By developing the routine, the thesis showed how software developed for images of human can be applied to images of rats. The routine handles formatting issues and artefact corrections, calculates diffusion metrics, and performs statistical tests on spatially aligned magnetic resonance images of rats acquired with diffusion weighted echo planar imaging. The routine was verified by analysing the images that it had processed and was considered to create reliable images. Future studies within the field should focus on developing atlases of rats and continue the work with identifying how software developed for images of human can be applied to images of rats.  === Biologer och läkare studerar komplexa biologiska processer för vilket de använder avancerade bildgivande metoder. De samlar bilder som innehåller mycket information vilken måste extraheras på ett korrekt sätt. Detta kräver god datorvana och kunskaper inom bildprocessning, vilket de sällan har. För att komma runt problemet, syftade den här masteruppsattsen till att utveckla en rutin för artefaktkorrigering och informationsextrahering från bilder tagna i ett forskningsprojekt vid Karolinska Institutet i Stockholm. Genom att utveckla rutinen, visar uppsattsen hur mjukvaror utvecklade för bilder av människa kan appliceras på bilder av råtta. Rutinen hanterar formatteringsproblem och artefaktkorrigering, beräknar diffusionsmått, och utför statistiska tester på spatiellt matchade magnetresonansavbildningar tagna med diffusionsviktade ekoplana metoder. Rutinen verifierades genom att analysera bilder som den processat och det konstaterades att den skapar korrekta bilder. Framtida studier inom området bör fokusera på att utveckla atlaser av råttor och fortsätta identifieringen av hur mjukvaror utvecklade för bilder av människa kan appliceras på bilder av råtta. 
author Kraft, Sandra
author_facet Kraft, Sandra
author_sort Kraft, Sandra
title Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats
title_short Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats
title_full Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats
title_fullStr Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats
title_full_unstemmed Routine Development for Artefact Correction and Information Extraction from Diffusion Weighted Echo Planar Images of Rats
title_sort routine development for artefact correction and information extraction from diffusion weighted echo planar images of rats
publisher KTH, Skolan för teknik och hälsa (STH)
publishDate 2016
url http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-190994
work_keys_str_mv AT kraftsandra routinedevelopmentforartefactcorrectionandinformationextractionfromdiffusionweightedechoplanarimagesofrats
AT kraftsandra rutinutvecklingforartefaktkorrigeringochinformationsextraheringfrandiffusionsviktadeekoplanabilderavratta
_version_ 1719250336502251520