Avaliação genômica em bovinos da raça Gir de Brasil e Colômbia /

• Main Author: Toro, Alejandra Maria ospina
• Other Authors: Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Jaboticabal, 2020
• Subjects: Bos taurus indicus; Bovinos de corte; Duplo proposito; GWAS; Endogamia.; Norma de reação
• Online Access: http://hdl.handle.net/11449/192785

Orientador: Josineudson Augusto II de Vasconcelos Silva === Resumo: A raça Gir (Bos indicus) é importante recurso genético para produção de carne e leite no Brasil e em países tropicais. Estudos genômicos entre populações são de interesse para identificar regiões genômicas importantes e aplicar na seleção de caraterísticas de produção. As corridas de homozigose (ROH) são regiões homozigotas contíguas do genoma, utilizadas na identificação de genes associados a características de interesse econômico, bem como na obtenção dos coeficientes de endogamia. A interação genótipo ambiente (IGA), também representa papel importante no estudo de populações de bovinos e na seleção dos melhores reprodutores para os diferentes ambientes. Com isto, os objetivos do presente estudo foram analisar o comprimento e a distribuição das ilhas ROH do genoma, com identificação dos gene presentes, além de avaliar a acurácia da imputação utilizando diferentes painéis comerciais e a interação genótipo ambiente da produção de leite em bovinos da raça Gir do Brasil e Colômbia. Na avaliação das ilhas ROH foram utilizados dados genotípicos de 173 animais selecionados para produção de carne e 291 animais selecionados para produção leiteira e obtidos os resultados via programa Plink. Análise da acurácia utilizando diferentes painéis de SNPs (GGP Bovine 30K, GGP indicus 35K e HD 777K) de 464 animais do Brasil e da Colômbia foram avaliados e os resultados comparados via correlação simples (CS) e taxa de concordância (CR). Na análise da IGA foi utilizado modelo de norma de reação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) === Abstract: The Gir breed (Bos indicus) is an important genetic resource for meat and milk production in Brazil and in tropical countries. Genomic studies between populations are of interest to identify important genomic regions and apply in the selection of production traits. Runs of Homozygosity (ROH) are contiguous homozygous regions of the genome, used to identify genes associated with characteristics of economic interest, as well as to obtain inbreeding coefficients. The environment genotype (IGA) interaction also plays an important role in the study of bovine populations and in the selection of the best breeders for different environments. Thus, the objectives of the present study were to analyze the length and distribution of the ROH islands of the genome, with identification of the present genes, in addition to assessing the accuracy of imputation using different commercial panels and the environment genotype interaction of milk production in cattle of the Gir breed from Brazil and Colombia. In the evaluation of the ROH islands, genotypic data from 173 animals selected for beef production and 291 animals selected for milk production were used and the results were obtained through the Plink program. Accuracy analysis using different SNP panels (GGP Bovine 30K, GGP indicus 35K and HD 777K) from 464 animals from Brazil and Colombia were evaluated and the results were compared using simple correlation (CS) and concordance rate (CR). The IGA analysis used a bi-traits reaction standard... (Complete abstract click electronic access below) === Doutor