Estrutura genômica populacional de bovinos leiteiros Gir /

• Main Author: Bertipaglia, Tássia Souza.
• Other Authors: Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Jaboticabal, 2017
• Subjects: Análise multivariada.; Genômica.; Bovino de leite.; Linhagem (Genética); Polimorfismo de nucleotídeo único.; Genetic polymorphisms.
• Online Access: http://hdl.handle.net/11449/150872

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima === Coorientador: Danísio Prado Munari === Coorientador: Rodrigo Pelicioni Savegnago === Coorientador: Marcos vinícius Barbosa da Silva === Banca: Lenira El Faro Zadra === Banca: Joslane Noely dos Santos Gonçalves Cyrillo === Banca: Ricardo da Fonseca === Banca: João Ademir de Oliveira === Resumo: Considerando painéis de SNP (do inglês Single Nucleotide Polymorphism, polimorfismo de nucleotídeo único) objetivou-se descrever o perfil genômico populacional de bovinos leiteiros da raça Gir por meio da caracterização de linhagens desta população e inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de animais provenientes de diversas fazendas do Brasil. Após o controle de qualidade de genótipos e amostras, foram obtidos 1987 SNP bialélicos em cromossomos autossomos presentes nos painéis HD e 50K SNP, em um painel resultante de SNP em comum dos dois painéis, 21K SNP. Distâncias genéticas entre os marcadores foram obtidas e, por meio da decomposição espectral, foram gerados os componentes principais. A análise multivariada de componentes principais, em um contexto de estrutura populacional, permite inferir sobre a variabilidade genética utilizando informações de parentesco entre os animais. A determinação do número de agrupamentos foi realizada com o procedimento k-means, utilizando a distância genética entre os animais, que permite identificar subgrupos genéticos na população, com moderada-alta qualidade de agrupamento, com coeficiente correlação cofenética equivalente a 0,66. O parentesco, heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho), coeficientes de endogamia, desequilíbrio de ligação (LD) e tamanho efetivo populacional, baseados exclusivamente em informações genômicas também foram obtidos. Os resultados evidenciaram quatro diferentes agrupamentos genéticos, ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) === Abstract: The objective was to describe the genomic structure of Gir dairy cattle population through the characterization of lineages of this population and infer about the genetic variability considering information from animals from several farms in Brazil using panels of SNP (Single Nucleotide Polymorphism). After quality control of genotypes and samples, we obtained 1987 biallelic SNPs on autosomal chromosomes present in the HD panels and 50K SNP, in a resultant panel of SNPs in common from to two panels, 21K SNP. Genetic distances between the markers were obtained and, through spectral decomposition, the principal components were generated. Multivariate analysis of principal components, in a context of population structure, allows inferring about genetic variability using relatedness information between animals. The determination of the number of clusters was performed using the k-means procedure, using the genetic distance between the animals, which allows the identification of genetic subgroups in the population, with moderate-high quality of grouping, with a coefficient correlation coefficient equivalent to 0.66. Expected heterozygosity (He) and observed (Ho), coefficients of inbreeding, linkage disequilibrium (LD) and effective population size (Ne) based exclusively on genomic information were also obtained. The results evidenced four different genetic groups, defined as breeding lineages of the Gir dairy breed of Brazil, indicating that the use of a few breeders or their descendants with greater intensity and also due to the different origins of the ancestors, formed the different genetic groups, which are composed of animals from various farms. There was little relationship between the animals and this was reflected in the average inbreeding coefficient, and the average inbreeding obtained for all the individuals was 0.017, evi... (Complete abstract click electronic access below) === Doutor