| Summary: | Resumo:A eimeriose é a enfermidade parasitária importante em coelhos, que são hospedeiros de 11 espécies de Eimeria. A criptosporidiose é uma zoonose que pode ser transmitida por meio de alimentos e água contaminados com oocistos eliminados por animais e pessoas infectadas. O objetivo deste estudo foi verificar a ocorrência de Eimeria spp. e de Cryptosporidium spp. em amostras fecais de coelhos, realizar a classificação molecular e relacionar a presença dos parasitos às diferentes categorias, em criações brasileiras. Amostras fecais (n = 514) foram colhidas de 21 granjas. Os oocistos foram purificados e visualizados por microscopia. Cinquenta e cinco amostras positivas para Eimeria spp., pela microscopia, foram submetidas à reação em cadeia pela polimerase (PCR) para amplificação de fragmento parcial da região ITS1 do gene do rRNA de Eimeria spp. e dos genes da subunidade 18S do rRNA e da glicloproteína GP60 de Cryptosporidium spp.. A microscopia revelou positividade de 19,45% (100/514) para Eimeria spp. e de 1,56% (8/514) para Cryptosporidium spp.. A PCR identificou E. exigua (14,5%), E. flavescens (61,8%), E. intestinalis (16,36%), E. irresidua (16,4%), E. magna (50,9%), E. media (3,6%), E. perforans (36,4%), E. piriformis (20,0%), E. stiedai (7,3%) e E. vejdovskyi (7,3%). Maior positividade foi observada em mini coelhos 33,17% (69/208), coelhos jovens 46,67% (35/75) e em fêmeas lactantes 24,47% (23/94). Sete amostras foram positivas pela PCR (12,73%; 7/55) para Cryptosporidium spp.. Pela análise molecular foi possível identificar Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) e C. cuniculus subtipo VbA21 (gp60) em coelhos jovens e matrizes. === Abstract:The eimeriosis is an important parasitic disease in rabbits, that can host 11 species of Eimeria. Cryptosporidiosis is a zoonotic disease that can be transmitted through food, drinking water and by contact with infected animals and people. The objective of this study was to verify the occurrence of Eimeria spp. and Cryptosporidium spp. in fecal samples of rabbits, perform their molecular classification and relate the presence of the parasites to the different categories in the Brazilian farms. Fecal samples (n = 514) were collected from 21 farms. The oocysts were purified and visualized by microscopy. Fifty five samples positive for Eimeria spp. using microscopy were subjected to polymerase chain reaction (PCR) for amplification of a partial fragment of the ITS1 region of the rRNA gene of Eimeria spp. and the 18S rRNA and the gp60 glycoprotein genes of Cryptosporidium spp.. The microscopy revealed positivity of 19.45% (100/514) for Eimeria spp. and 1.56% (8/514) for Cryptosporidium spp.. The PCR identified E. exigua (14.5%), E. flavescens (61.8%), E. intestinalis (16.36%), E. irresidua (16.4%), E. magna (50.9 %), E. media (3.6%), E. perforans (36.4%), E. piriformis (20.0%), E. stiedai (7.3%) and E. vejdovskyi (7.3 %). Higher positivity was observed in mini rabbits 33.17% (69/208), young rabbits 46.67% (35/75) and in lactating females 24.47% (23/94). Seven samples were positive by PCR (12.73%; 7/55) for Cryptosporidium spp.. Molecular analysis revealed Cryptosporidium cuniculus (18S rRNA) and C. cuniculus subtype VbA21 (gp60) in young rabbits and in does === Orientador:Marcelo Vasconcelos Meireles === Banca:Weslen Fabricio Pires Teixeira === Banca:Paola Moretti Rueda === Banca:Giane Serafim da Silva === Banca:Katia Denise Saraiva Bresciani === Doutor
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