Predição de sítios de ligação para a cisplatina e transplatina baseada em ligações de hidrogênio /

• Main Author: Anjos, Flávio Almeida Curvelo dos.
• Other Authors: Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas.
• Format: Others
• Language: Portuguese; Portuguese; Texto em português; resumos em português e inglês
• Published: São José do Rio Preto, 2015
• Subjects: Biologia molecular.; Biofísica.; Físico-química.; Ligação de hidrogêneo.; Composto de platina.; Unidades de processamento grafico.; Biophysics
• Online Access: http://hdl.handle.net/11449/127854

Orientador: José Roberto Ruggiero === Banca: Paulo Bandiera Paiva === Banca: Paula Regina Kuser Falcão === Banca: Luis Paulo Barbour Scott === Banca: Fátima Pereira de Souza === Resumo: Os compostos de platina são muito importantes para o tratamento de vários tumores malignos. Entretanto, a predição de sítios de ligação para estes compostos é muito difícil de ser feita devido ao processo de coordenação da platina. Portanto, neste trabalho, é apresentado um estudo in silico que fornece uma compreensão da superfície molecular em nível atômico da estrutura tridimensional da cisplatina e transplatina e seus sítios de ligação em relação às proteínas alvo para uma melhor compreensão das interações entre ligantes e proteínas. Esta abordagem tem a finalidade de oferecer novas ideias para a concepção de fármacos a partir de compostos de platina através do estudo da superfície molecular entre proteína e ligante. O objetivo deste trabalho foi elaborar uma nova abordagem baseada em parâmetros geométricos e físico-químicos para encontrar sítios de ligação de compostos de platina pela implementação de novos algoritmos de computação paralela para Graphic Processing Units (GPUs). Os algoritmos foram testados e validados pela análise de sítios de ligação das proteínas cuprozinc superóxido dismutase, ubiquitina, mioglobina, monômero de chaperona e BCL-2. Os resultados indicaram que estes sítios de ligação foram preditos com um significativo sucesso. O presente método teve uma melhor predição de sítios de ligação para a cisplatina e transplatina nas cinco proteínas selecionadas se comparado aos métodos HexServer e PatchDock === Abstract: Platinum compounds are very important to treatment of various malignant tumors. However, prediction of platinum-binding sites is very hard to be made. Herein, a study in silico provides an understanding of the molecular surface in atomic level of the three-dimensional structure of cisplatin and transplatin and their binding sites in order to offer some insights in drug designing. The goal of this work was to implement a new approach based on geometric and physicochemical parameters to find platinum-binding sites using a new parallel computing algorithms for graphics processing units (GPUs). These algorithms were tested and validated by analysing platinum-binding sites of proteins cuprozinc superoxide dismutase, ubiquitin, myoglobin, monomer chaperone and BCL-2. The results indicated that these binding sites were predicted with significant success. In our analysis HexServer and PatchDock server did not find putative binding-sites for cisplatin and transplatin as we found for the five chosen proteins. Herein, we have shown that the present method have had a better prediction of platinum-binding site than HexServer and PatchDock methods === Doutor