基於最大可能性與正規化交互資訊之基因演算法來從基因型推論單倍體
碩士 === 國立清華大學 === 資訊系統與應用研究所 === 102 === 單倍體基因型(Haplotypes)中包含有多組的單核苷酸多型性(single nucleotide polymorphisms). 而單倍體基因型(Haplotypes)做為遺傳研究中的一個單位,已被大量使用於相關遺傳與候選基因的研究當中. 然而,藉由試管實驗的研究方法來獲取這些單核苷酸多型性(SNPs)的資訊,不僅非常花時間,成本也非常高昂. 相反的,筆者嘗試透過電腦模擬的研究方法,藉由基因資料庫的運用與推導進而解讀出這些單倍體基因型的資訊. 本次研究希望透過使用兩組遺傳模型-哈代‧溫柏格平衡定律(Hardy...
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2014
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ndltd-TW-102NTHU53940102015-10-13T23:37:12Z http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/50356225151439367306 基於最大可能性與正規化交互資訊之基因演算法來從基因型推論單倍體 A Genetic Algorithm Based On Maximum Likelihood and Normalized Mutual Information to Infer Haplotypes from Genotypes Dagoberto Josue Vaquedano Garrido 巴達古 碩士 國立清華大學 資訊系統與應用研究所 102 單倍體基因型(Haplotypes)中包含有多組的單核苷酸多型性(single nucleotide polymorphisms). 而單倍體基因型(Haplotypes)做為遺傳研究中的一個單位,已被大量使用於相關遺傳與候選基因的研究當中. 然而,藉由試管實驗的研究方法來獲取這些單核苷酸多型性(SNPs)的資訊,不僅非常花時間,成本也非常高昂. 相反的,筆者嘗試透過電腦模擬的研究方法,藉由基因資料庫的運用與推導進而解讀出這些單倍體基因型的資訊. 本次研究希望透過使用兩組遺傳模型-哈代‧溫柏格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium)與連鎖不平衡(linkage disequilibrium),來發展一套新的遺傳演算法(genetic algorithm). 研究所使用的兩組遺傳模型將分別使用最大似然估計法則(maximum likelihood estimates)與標準化共同資訊量(Normalized Mutual Information)進行統計與評估. 而這套遺傳演算法在處理NP困難問題(NP-Hard problem)中,產生出一個適當的多項式時間解決方法. 最終研究結果顯示,研究中所使用的遺傳演算法在只有使用哈代‧溫柏格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium)時才能有較高的準確率. Soo, Von Wun 蘇豐文 2014 學位論文 ; thesis 54 en_US |
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碩士 === 國立清華大學 === 資訊系統與應用研究所 === 102 === 單倍體基因型(Haplotypes)中包含有多組的單核苷酸多型性(single nucleotide polymorphisms). 而單倍體基因型(Haplotypes)做為遺傳研究中的一個單位,已被大量使用於相關遺傳與候選基因的研究當中. 然而,藉由試管實驗的研究方法來獲取這些單核苷酸多型性(SNPs)的資訊,不僅非常花時間,成本也非常高昂. 相反的,筆者嘗試透過電腦模擬的研究方法,藉由基因資料庫的運用與推導進而解讀出這些單倍體基因型的資訊. 本次研究希望透過使用兩組遺傳模型-哈代‧溫柏格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium)與連鎖不平衡(linkage disequilibrium),來發展一套新的遺傳演算法(genetic algorithm). 研究所使用的兩組遺傳模型將分別使用最大似然估計法則(maximum likelihood estimates)與標準化共同資訊量(Normalized Mutual Information)進行統計與評估. 而這套遺傳演算法在處理NP困難問題(NP-Hard problem)中,產生出一個適當的多項式時間解決方法. 最終研究結果顯示,研究中所使用的遺傳演算法在只有使用哈代‧溫柏格平衡定律(Hardy-Weinberg equilibrium)時才能有較高的準確率.
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