Étude transcriptomique de l'effet du VIH-1 sur le système immunitaire : purification de cellules infectées et effets des molécules de l'hôte

La technologie des biopuces à ADN est un outil puissant permettant d'étudier en profondeur le profil transcriptomique d'une population cellulaire donnée. Nous avons mis à profit cette technique pour étudier les changements induits par le VIH-1 chez divers types cellulaires du système immun...

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Main Author: Imbeault, Michaël
Other Authors: Tremblay, Michel J.
Format: Doctoral Thesis
Language:French
Published: Université Laval 2010
Subjects:
Online Access:http://hdl.handle.net/20.500.11794/22174
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spelling ndltd-LAVAL-oai-corpus.ulaval.ca-20.500.11794-221742020-07-25T05:09:12Z Étude transcriptomique de l'effet du VIH-1 sur le système immunitaire : purification de cellules infectées et effets des molécules de l'hôte Imbeault, Michaël Tremblay, Michel J. Transcriptomique Virus de l'immunodéficience humaine de type 1 Infections à VIH -- Immunologie Puces à ADN Lymphocytes T -- Immunologie Lymphocytes B -- Immunologie Antigène CD4 Antigène CD40 La technologie des biopuces à ADN est un outil puissant permettant d'étudier en profondeur le profil transcriptomique d'une population cellulaire donnée. Nous avons mis à profit cette technique pour étudier les changements induits par le VIH-1 chez divers types cellulaires du système immunitaire. Notamment, nous avons déterminé l'influence du VIH-1 sur une population hautement enrichie en lymphocytes T CD4+. Cette étude nous a permis d'identifier des modulations transcriptionnelles dans plusieurs voies cellulaires importantes, dont l'apoptose, le cycle cellulaire, le métabolisme de l'ARN et la réparation du dommage à l'ADN. Nous nous sommes attardés sur la modulation de p53 au niveau de l'ARNm; nous démontrons que cette induction est dépendante d'une réponse interferon de type I. En cours de route, nous avons réalisé que le taux d'infection par le VIH-1 chez les cellules primaires était très faible - les changements décrits ci-haut sont donc susceptibles de survenir dans la population exposée au virus mais non-infectée. Afin de mieux comprendre les facteurs qui influencent l'infection au VIH-1 et les effets de celle-ci sur le transcriptome des cellules infectées, nous avons construit un virus rapporteur permettant l'isolation de cellules infectées. Nous avons utilisé ce virus pour quantifier le profil transcriptomique de lymphocytes T CD4+ infectés à l'aide de puces à ADN de dernière génération. Ces puces contiennent des sondes dirigées vers chaque exon connu, ce qui permet de détecter des changements au niveau de l'épissage alternatif en plus de l'expression génique. Les résultats démontrent qu'une sous-population de lymphocytes est particulièrement susceptible à l'infection. Finalement, nous avons procédé à la quantification transcriptomique à grande échelle des changements induits par un virus portant CD40L à sa surface sur une population de cellules B. Nous démontrons que ce virus est présent dans le plasma de patients infectés et est suffisant pour activer les lymphocytes B de façon polyclonale, ce qui pourrait expliquer en partie les déficiences observées chez ce type cellulaire chez les patients infectés au VIH-1. 2010 info:eu-repo/semantics/openAccess https://corpus.ulaval.ca/jspui/conditions.jsp info:eu-repo/semantics/doctoralThesis http://hdl.handle.net/20.500.11794/22174 fre xvii, 356 f. application/pdf Université Laval
collection NDLTD
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sources NDLTD
topic Transcriptomique
Virus de l'immunodéficience humaine de type 1
Infections à VIH -- Immunologie
Puces à ADN
Lymphocytes T -- Immunologie
Lymphocytes B -- Immunologie
Antigène CD4
Antigène CD40
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Virus de l'immunodéficience humaine de type 1
Infections à VIH -- Immunologie
Puces à ADN
Lymphocytes T -- Immunologie
Lymphocytes B -- Immunologie
Antigène CD4
Antigène CD40
Imbeault, Michaël
Étude transcriptomique de l'effet du VIH-1 sur le système immunitaire : purification de cellules infectées et effets des molécules de l'hôte
description La technologie des biopuces à ADN est un outil puissant permettant d'étudier en profondeur le profil transcriptomique d'une population cellulaire donnée. Nous avons mis à profit cette technique pour étudier les changements induits par le VIH-1 chez divers types cellulaires du système immunitaire. Notamment, nous avons déterminé l'influence du VIH-1 sur une population hautement enrichie en lymphocytes T CD4+. Cette étude nous a permis d'identifier des modulations transcriptionnelles dans plusieurs voies cellulaires importantes, dont l'apoptose, le cycle cellulaire, le métabolisme de l'ARN et la réparation du dommage à l'ADN. Nous nous sommes attardés sur la modulation de p53 au niveau de l'ARNm; nous démontrons que cette induction est dépendante d'une réponse interferon de type I. En cours de route, nous avons réalisé que le taux d'infection par le VIH-1 chez les cellules primaires était très faible - les changements décrits ci-haut sont donc susceptibles de survenir dans la population exposée au virus mais non-infectée. Afin de mieux comprendre les facteurs qui influencent l'infection au VIH-1 et les effets de celle-ci sur le transcriptome des cellules infectées, nous avons construit un virus rapporteur permettant l'isolation de cellules infectées. Nous avons utilisé ce virus pour quantifier le profil transcriptomique de lymphocytes T CD4+ infectés à l'aide de puces à ADN de dernière génération. Ces puces contiennent des sondes dirigées vers chaque exon connu, ce qui permet de détecter des changements au niveau de l'épissage alternatif en plus de l'expression génique. Les résultats démontrent qu'une sous-population de lymphocytes est particulièrement susceptible à l'infection. Finalement, nous avons procédé à la quantification transcriptomique à grande échelle des changements induits par un virus portant CD40L à sa surface sur une population de cellules B. Nous démontrons que ce virus est présent dans le plasma de patients infectés et est suffisant pour activer les lymphocytes B de façon polyclonale, ce qui pourrait expliquer en partie les déficiences observées chez ce type cellulaire chez les patients infectés au VIH-1.
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