Conception automatisée d'amorces et de sondes aux fins de diagnostic moléculaire : SV N Revision 3536
Des algorithmes de conception automatisée d’amorces PCR et de sondes d’hybridation aux fins de diagnostic moléculaire ont été créés et implémentés. La vitesse de recherche d’amorces PCR à la fois spécifiques, ubiquitaires et sensibles s’est avérée considérablement accru...
| Main Author: | |
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| Other Authors: | |
| Format: | Others |
| Language: | FR |
| Published: |
Université Laval
2011
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| Online Access: | http://www.theses.ulaval.ca/2011/27907/27907.pdf |
| Summary: | Des algorithmes de conception automatisée d’amorces PCR et de sondes d’hybridation
aux fins de diagnostic moléculaire ont été créés et implémentés. La vitesse
de recherche d’amorces PCR à la fois spécifiques, ubiquitaires et sensibles
s’est avérée considérablement accrue par le calcul et l’emploi de consensus binaires
d’alignements multiples de séquences d’ADN. La recherche de sondes d’hybridation
spécifiques et l’analyse du potentiel d’hybridation en général entre deux séquences
a été facilitée par la synthèse de données empiriques d’hybridation trouvées dans
divers articles publiés. D’autres programmes servant à faciliter ou automatiser l’exécution
de diverses tâches utiles ont également été créés. Tous les programmes résultants
ont permis de valider les algorithmes créés et de confirmer leur utilité dans
l’exécution des tâches désirées par les membres de l’équipe de recherche auxquels
ils étaient prioritairement destinés. === Algorithms for automatic design of PCR primers and of hybridization probes for
molecular diagnostics have been created and implemented. The search speed for
PCR primers that were at the same time specific, ubiquitary and sensitive was greatly
improved by both computation and use of binary consensus of multiple alignments
of DNA sequences. The search for specific hybridization probes and also analysis
of hybridization potential in general between two sequences was facilitated by synthesis
of empirical data gathered from different published papers. Other software for
facilitating or automating the execution of different useful tasks were also created. All
resulting software allowed both for the validation of algorithms and for the confirmation
of their usefullness in executing desired tasks by the members of the research
team for which they were written in the first place. |
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