Environnement de développement bioinformatique pour la génomique et la protéomique
L’objectif de ce mémoire est de décrire un environnement de développement capable de supporter les besoins du bioinformaticien dans les différents contextes de développement de logiciels de bioinformatique. Ce mémoire présente un environnement de développement et en démontre l’utilisation soit par u...
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| Other Authors: | |
| Format: | Others |
| Language: | FR |
| Published: |
Université Laval
2006
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| Online Access: | http://www.theses.ulaval.ca/2006/23898/23898.html http://www.theses.ulaval.ca/2006/23898/23898.pdf |
| Summary: | L’objectif de ce mémoire est de décrire un environnement de développement capable de
supporter les besoins du bioinformaticien dans les différents contextes de développement
de logiciels de bioinformatique. Ce mémoire présente un environnement de développement
et en démontre l’utilisation soit par une conception logicielle, soit par une réalisation
logicielle.
Trois contextes de développement d’infrastructure logicielle et de logiciels bioinformatique
ont été identifiés :
• Développement dans le cadre de projets de recherche. Mise en place d’une base de
données pour le projet d’étude du parasite Leishmania par biopuces d’ADN
complémentaire (ADNc) et développement d’une application WEB permettant de
mettre en évidence de façon graphique la transcription polycistronique chez ce
parasite. Transcription de plusieurs gènes (cistrons) contigus en un seul ARN
messager (ARNm).
• Développement dans le cadre de plates-formes de recherche. Évaluation des aspects
communs des plates-formes de recherche existantes dans le centre de recherche et
conception d’un modèle générique d’application de gestion d’information de
laboratoire (LIMS). Évaluation des aspects spécifiques des plates-formes de
recherche et développement de logiciels de supports pour la configuration et la
lecture de résultats spécifique à la plate-forme de qRT-PCR.
• Développement dans le cadre de la plate-forme de bioinformatique. Le premier
exemple est un logiciel pour une chaîne de traitement à haut débit de données issues
de la plate-forme de biopuces. Le deuxième exemple est un logiciel effectuant des
alignements locaux de séquences d’acides nucléiques. Ce logiciel, basé sur BLAST,
présente des informations supplémentaires dans un format plus facilement utilisable
par d’autres logiciels. === The aim of this essay is to describe a development environement which is able to support
bioinformaticians in several contexts for bioinformatics software development. This essay
presents a development environement and substantiate its use in each context identified
either by a software design or by a complete software realisation.
Three development context of software infrastructure and bioinformatic software are
identified :
• Research project development. Setting up database for Leishmania parasite research
project with cDNA microarray and development of a WEB application shed on light
the polycistronic transcription of this parasite in graphical way.
• Research plateform development. Evaluation of common facets of research
platforms and design of a generic model for a laboratory information management
system (LIMS). Evaluation of spécific facets of research platforms and development
of support software for the qRT-PCR plateform.
• Bioinformatic platform development. The first sample is a utility software for a high
troughput data flow coming from the microarray platform. The second sample is a
software making local alignments of nucleic acid sequences. This software which is
based on BLAST, presents additional information in a more usable format for other
software. === |
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