Analysis of the barley (Hordeum vulgare) tightly bound DNA-protein complexes

Despite a great deal of research, the functional significance of tightly bound DNA-protein complexes is not yet clear, therefore these complexes are perfect object for pioneering research. Very little is known about plant TBP-DNA complexes. In this work we investigated barley TBP-DNA complexes from...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Bielskienė, Kristina
Other Authors: Čitavičius, Donaldas Jonas
Format: Doctoral Thesis
Language:English
Published: Lithuanian Academic Libraries Network (LABT) 2009
Subjects:
Online Access:http://vddb.library.lt/fedora/get/LT-eLABa-0001:E.02~2009~D_20091202_111955-77123/DS.005.1.02.ETD
Description
Summary:Despite a great deal of research, the functional significance of tightly bound DNA-protein complexes is not yet clear, therefore these complexes are perfect object for pioneering research. Very little is known about plant TBP-DNA complexes. In this work we investigated barley TBP-DNA complexes from different organs (first leaves, roots and coleoptiles) at different developmental stages. We characterized individual components of tightly bound DNA-proteins complexes: polypeptides (TBP) and DNA. We isolated and characterized TBP proteins from barley first leaves, roots and coleoptiles of different age and differentiation stage. Also we isolated and characterized the DNA fragments from barley first leaves and water ripe and milky ripe grain TBP-DNA complexes. We demonstrated that in different developmental stages of coleoptiles, first leaves and roots TBP-DNA complexes were identified as a group of 15-160 kDa proteins, most of TBPs are acidic. Some of barley TBPs (10, 25, 38, 40 and 55 kDa) exhibit phosphatase, maybe Ser/Thr activity. We have identified also that some of TBPs tyrosines were phosphorylated, this modification depends on organ and developmental stage. Identified barley TBPs were involved in fundamental genetic processes, as well as in chromatin rearrangement and regulation processes. Nuclear matrix proteins, enzymes, transcription factors, serpins, immunophilins, and transposon polypeptides were identified among TBPs. We demonstrated that expression of TBPs depends... [to full text] === Žinoma, kad pastovi nehistoninių polipetidų frakcija yra išgryninama kartu su eukariotine DNR ir sudaro labai tvirtus (galbūt kovalentinius) kompleksus tarp branduolio baltymų ir DNR. Nustatyta, kad Erlicho ascito tvirtuose DNR-baltymų kompleksuose yra baltymas C1D, baltymai, pasižymintys fosfataziniu ir kinaziniu aktyvumais, kai kurie proteazių slopikliai ir kiti, dar neištirti baltymai. Nepaisant intensyvių tyrinėjimų, eukariotinių ląstelių tvirti DNR-baltymų kompleksai vis dar lieka menkai aprašyti ir yra objektas tolimesniems tyrimams. Augalų TBP-DNR kompleksai kol kas buvo tyrinėti labai mažai. Šiame darbe charakterizuojami miežių Hordeum vulgare tvirti DNR-baltymų kompleksai. Mes tyrėme TBP-DNR kompleksus iš miežių skirtingų ūglių organų ir skirtingų vystymosi stadijų ląstelių: lapų, šaknų, koleoptilės. Norint ištirti tokių nukleoproteidų funkcijas, svarbu charakterizuoti individualius komplekso komponentus: polipeptidus ir DNR. Taigi, išskyrėme tvirtai su DNR sąveikaujančius baltymus iš miežių skirtingos diferenciacijos bei skirtingo amžiaus ląstelių: pirminių lapelių, šaknų, koleoptilės ir juos charakterizavome. Taip pat išskyrėme ir charakterizavome DNR fragmentus iš miežių pirminių lapelių bei vandeninės brandos ir pieninės brandos grūdų TBP-DNR kompleksų. Parodėme, kad miežių TBP baltymai yra 15-160 kDa, dauguma baltymų yra rūgštiniai. Kai kurie iš miežių TBP baltymų (10, 25, 38, 40 ir 55 kDa) pasižymi fosfataziniu, galbūt, Ser/Thr aktyvumu. Nustatėme, kad tam... [toliau žr. visą tekstą]