Predição da função das proteínas sem alinhamentos usando máquinas de vetor de suporte.

• Main Author: Dias, Ulisses Martins
• Other Authors: Lopes, Roberta Vilhena Vieira
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Federal de Alagoas 2015
• Subjects: Bioinformatic; Protein; Function; Artificial intelligence; Suport vector machines; Gene ontológico; Sting; Bioinformática; Proteína; Função; Inteligência artificial; Máquina de vetor de suporte; CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
• Online Access: http://repositorio.ufal.br/handle/riufal/808

This thesis presents a new model to protein function prediction using support vector machines, a machine learning approach trained using structural parameters calculated from protein tertiary structure. The model is different from the others paradigms because it is not necessary to search for similarities against the others known proteins in public databases by alignments. In this way, the model is able to associate functional relationships among proteins with no similarities and it could be used when all other methods fail or when the user don t want to use the concept of similarity in function predictions. The proof that the model is valid was accomplished analyzing its performance with unknown proteins, i.e proteins not used in the training set. The validation approach used a set of binding proteins. === Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado de Alagoas === Este trabalho apresenta um novo modelo capaz de prever a função de proteínas utilizando máquinas de vetor de suporte, um método de aprendizagem de máquina treinado usando parâmetros estruturais calculados a partir da conformação espacial da própria proteína. O modelo difere do paradigma comum de predição por não ser necessário calcular similaridades por meio de alinhamentos entre a proteína que se deseja prever a função e as proteínas de função conhecida presentes nos bancos de dados públicos. Dessa forma, o modelo é capaz de associar função às proteínas que não possuem qualquer semelhança com proteínas conhecidas, podendo ser usado quando todos os outros métodos falham ou quando não se deseja utilizar o conceito de similaridade na predição da função. A justificativa de que o modelo é válido foi realizada analisando sua performance ao prever funções de proteínas desconhecidas, proteínas não usadas no treinamento, utilizando como estudo de caso um conjunto de proteínas de ligação.