Avaliação da antigenicidade de peptídeos sintéticos correspondentes a região nef do HIV-1, obtidos a partir de sequências consensos e de isolados dos subtipos B e F1

• Main Author: Côrtes, Fernanda Heloise
• Other Authors: Gaspar, Ana Maria Coimbra
• Language: Portuguese
• Published: Instituto Oswaldo Cruz 2013
• Online Access: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/6913

Submitted by Alessandra Portugal ([e-mail]) on 2013-09-17T12:30:56Z No. of bitstreams: 1 Avaliação da antigenicidade de peptídeos sintéticos correspo.pdf: 889668 bytes, checksum: 52f8da6f76cc659cef97e841026d9b20 (MD5) === Made available in DSpace on 2013-09-17T12:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Avaliação da antigenicidade de peptídeos sintéticos correspo.pdf: 889668 bytes, checksum: 52f8da6f76cc659cef97e841026d9b20 (MD5) Previous issue date: 2010-03-31 === Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil === Sequências virais centrais, incluindo consenso, ancestral e centro-da-árvore, vêm sendo propostas para o desenho de potenciais imunógenos para o desenho de uma vacina anti-HIV/Aids, por minimizarem a distância genética em relação aos vírus circulantes. No Brasil a epidemia de Aids é causada primariamente pelo subtipo B, seguido dos subtipos F1 e C, em adição a recombinantes B/F1 e B/C. Este estudo teve como objetivo avaliar o uso potencial de sequências consenso comparadas a sequências de isolados virais mais próximos, na definição de antígenos vacinais. Bem como determinar o impacto do polimorfismo viral na resposta imune de indivíduos infectados pelo HIV-1. Esta avaliação da resposta imune foi realizada com células mononucleares do sangue periférico (CMSP) de indivíduos infectados pelo subtipo B e F1, incluindo um grupo de controladores da carga viral e indivíduos não progressores de longo termo, usando o ensaio de ELISpot IFN-γ. Duas regiões em Nef (R1 e R3) apresentaram alta frequência de resposta, 84% e 73% para o pool de peptídeos referente ao consenso B e 65% e 69% para o consenso F1, respectivamente. Em indivíduos infectados pelo subtipo B a frequência de resposta tanto para o pool de peptídeos baseados na sequência do isolado quanto na sequência consenso foi igual na R1 (93%) e muito próxima na região 2, 28% para o consenso contra 21% do isolado. Na R3, as sequências do consenso e do isolado no subtipo B são idênticas, e 71% dos indivíduos responderam ao pool dessa região. Nos indivíduos infectados pelo subtipo F1 foram encontrados valores similares na frequência de resposta para a R1, 44% e 55%, e idênticos na R3, 66%, para o consenso e o isolado, respectivamente. A magnitude de resposta não foi significativamente diferente entre o consenso e isolado (P>0,05) para ambas as regiões tanto para os indivíduos infectados pelo subtipo B quanto pelo F1. Foi demonstrada uma forte reatividade cruzada frente aos peptídeos derivados dos consensos dos subtipos B e F1 e do grupo M. Nos indivíduos infectados pelo subtipo B, 79% das respostas foram detectadas tanto com peptídeos do consenso B, como F1 e M, nos indivíduos infectados pelo subtipo F1 essas respostas representaram 68%. Juntos esses dados indicam que tanto a estratégia do consenso, quanto a do isolado mais próximo é capaz de estimular uma resposta HIV específica. Além disso, nosso estudo aponta que sequências referentes tanto ao subtipo B quanto ao F1 poderiam servir como base para o desenho de imunógenos pautados na proteína Nef. === Centralized viral sequences, including consensus, ancestral and center-of-tree have been proposed as potential immunogens for an anti-HIV/Aids vaccine design in order to reduce the genetic distance from circulating viruses. In Brazil, Aids epidemic is primarily caused by clade B, followed by clade F1 and C, with additional B/F and B/C recombinants. The goal of this study was to evaluate the potential use of consensus sequences compared with close viral isolate sequences in order to define vaccine antigens, as well as to determine the impact of polymorphism on immune response from HIV-1 infected subjects. Evaluation of the immune response was carried out with PBMCs from subjects infected with clade B and F1, including a cohort of HIV viral load controllers and Long Term Non Progressors, using an IFN-γ ELIspot assay. Two regions in Nef (R1 and R3) demonstrated high frequency of response, 84% and 73% for the pool of peptides based on consensus B, and 65% and 69% for consensus F1, respectively. In clade B-infected subjects, the frequencies of response for both, pool of peptides based on consensus and isolate sequence, were the same in R1 (93%) and very close in R2, 28% to consensus and 21% to isolate. In R3, the sequences from consensus and isolate were identical, and 71% of subjects responded to peptides in this region. In clade F-infected subjects, the frequencies of responses were similar in R1, 44% and 55%, and identical in R3, 66%, to consensus and isolate, respectively. No statistically significant differences were observed for the magnitude of response between consensus and isolate (P>0,05) for both regions in clade B- and F1-infected subjects. Clade B- and F1-infected subjects were able to recognize peptides based on B-, F1- and group M-consensus, showing a strong cross-clade response. In clade B-infected subjects, 79% of positive response was detected both with consensus from clade B, F1 and group M peptides. In clade F1-infected subjects this cross-clade response represented 68%. Together, these data suggests that both, B and F1 consensus and their closest isolates are able to detect similar HIV Nef specific responses. Our results show that sequences based on clade B or F1 could equally serve for the design of immunogens corresponding to the Nef protein.