Estudos em Hypochaeris tropicalis Cabrera (Asteraceae) utilizando marcadores moleculares AFLP, SSR e ITS

• Main Author: Gabriela Barbosa Navarro de Paula
• Other Authors: Claudete de Fátima Ruas .
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Estadual de Londrina, Instituto Agronômico do Paraná, EMBRAPA. Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular. 2015
• Online Access: http://www.bibliotecadigital.uel.br/document/?code=vtls000204131

Hypochaeris tropicalis é uma espécie com distribuição restrita a poucas áreas, na região sudoeste do Rio Grande do Sul (Brasil), com umas poucas informações de ocorrência na Argentina e Uruguai. A fim de determinar a estrutura genética de populações desta espécie e a sua posição filogenética dentro do grupo sul-americano do gênero, foram utilizados marcadores moleculares AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism), microssatélites-SSR (Simple Sequence Repeats) e sequências de ITS (Internal Transcribed Spacer). Para o estudo de populações seis combinações de primers seletivos de AFLP e nove pares de primers de SSR foram aplicados em seis populações de H. tropicalis. A técnica de AFLP possibilitou a identificação de 1.488 marcadores, com uma média de 67% de polimorfismo. Foi identificado um total de 56 alelos com uma média de 6,2 alelos por loco nas seis populações. Ambos, AFLP e SSRs, idenficaram uma maior variação dentro (91,06 e 97,08) do que entre (8,94 e 2,92) as populações investigadas, sugerindo que a espécie possui um sistema reprodutivo por fecundação cruzada ou mista. Foi identificada uma baixa estruturação genética, possivelmente devido à diversificação rápida e recente do gênero Hypochaeris na América do Sul. Para definir a posição filogenética de H. tropicalis dentro do grupo sul-americano de Hypochaeris, foram utilizadas sequências de regiões ITS (Internal Transcribed Spacer) e três primers seletivos de AFLP. Nesta investigação foram analizadas oito espécies nativas da América do Sul, além de H. angustifólia, possível ancestral do grupo e duas espécies europeias como outgroups (ITS). Os dados de AFLP identificaram 1.213 marcadores com 88% de polimorfismo enquanto que as sequências ITS geraram 643 caracteres onde, somente 13,7% foram informativos. Os marcadores AFLP e sequências ITS possibilitaram a inserção de H. tropicalis na filogenia de Hypochaeris na América do Sul. === Hypochaeris tropicalis is a species with restrict distribution in southeast of Rio Grande do Sul state in Brasil, with a few reports in Argentina and Uruguay. This study aim to determine the population genetic structure of the species, as well as to define the phylogenetic position of the species within the South American Hypochaeris. For this purpose we used AFLPs (Amplified Fragment Length Polymorphism), microsatellites (SSR-Simple Sequence Repeats) and ITS (Internal Transcribed Spacer) sequences. Six AFLP primer combinations and nine SSR primer pairs were applied for population studies. The AFLP technique allowed the identification of 1,488 markers, with an average of 67% of polymorfism. PCR amplification of the nine SSR loci idenfied a total of 56 aleles and an average of 6,2 aleles per locus. Both, AFLP and SSRs, idenfied higher variation (91,06 e 97,08) within than amog (8,94 e 2,92) populations, suggesting that H. tropicalis is predominantly alogamous. The population genetic structure of the species was low, possibly because of the recent colonization and diversification of the genus in the South American continent. ITS sequences and AFLP markers were also used to define the phylogenetic position of H. tropicalis. For this purposes eight species native to South America, H. angustifólia, the presumed ancestor of the group, and two European species (outgroups) were investigated. Three AFLP primer combinations identified 1.213 markers with 88% of polymorphism while the ITS sequences rendered 643 characters but, only 13.7% were informative. The AFLP data and ITS sequences allowed the insertion of the phylogeny of H. tropicalis Hypochaeris in South America.