Ferramentas de auxílio ao seqüenciamento de DNA por montagem de fragmentos: um estudo comparativo.

• Main Author: Said Sadique Adi
• Other Authors: Carlos Eduardo Ferreira
• Language: Portuguese
• Published: Universidade de São Paulo 2000
• Subjects: biologia computacional; DNA; montagem de fragmentos; computacional biology; fragments assembly programs
• Online Access: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/45/45134/tde-26112001-150157/

Atualmente, existe um grande número de ferramentas para montagem de fragmentos de DNA disponíveis. Neste trabalho apresentamos um estudo comparativo das ferramentas CAP2, FAKtory, TIGR e PHRAP. Para realizarmos este estudo, primeiramente executamos esses sistemas de montagem sobre 12 casos de testes distintos. Após isso, tomamos os resultados obtidos por cada um deles e os comparamos com as seqüências de onde os fragmentos foram originalmente obtidos. Os testes utilizados avaliam a eficiências dos programas com relação a três problemas associados ao processo de montagem (erros no sequenciamento, fragmentos quimeras e regiões repetidas) e pudemos ver que nenhum dos sistemas é claramente superior aos demais no tratamento de todos eles. Cada ferramenta de montagem parece tratar de melhor forma um problema em especial.Além de avaliarmos os resultados, realizamos também um estudo. === Noways, several peckages for DNA fragment assembly are aviable. In this wok we present a comparative study of the preformances of the programs CAP2, FAKtory, TIGR e PHrap. To get to our objetives, we firt ran each of these programs on twelve intances. After this,we compared the outputs with the sequences from wich the fragments were originally obtained. In this comparison,we took into consideration three problems related to fragments assembly (sequencing errors, chimeric fragments and repeats regions). We conclude that no one of the packages we tested is more efficient than the others when considering all the problems cited above. If we consider a particular problem, the we observed different performances among the programs. Even more, we compare the packages with respect to theirs to CPU times.