Desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites (SSRs) para Araucaria angustifolia (Bert.) O. Kuntze

• Main Author: Schmidt, Andréa Branco
• Other Authors: Universidade Federal de Santa Catarina
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Florianópolis, SC 2013
• Subjects: Agricultura; Recursos genéticos vegetais; Pinheiro-do-parana; Variação (Genética); Biblioteca Genômica
• Online Access: http://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/103108

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. === Made available in DSpace on 2013-07-16T02:57:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 === Este trabalho apresenta os resultados do desenvolvimento e caracterização de marcadores microssatélites para Araucaria angustifolia a partir de bibliotecas genômicas enriquecidas para seqüências microssatélites (SSR). O trabalho envolveu clonagem de segmentos genômicos, transformação bacteriana, sequenciamento de clones, desenho de iniciadores específicos e otimização de marcadores. A triagem dos iniciadores foi feita utilizando-se inicialmente quatro indivíduos em gel de agarose 2%. Para a otimização foram utilizados 16 indivíduos de 5 diferentes populações em gel de poliacrilamida 4%, com detecção em nitrato de prata. Foram obtidos 29 marcadores microssatélites inéditos para Araucaria angustifolia, com a possibilidade de utilização imediata. Os marcadores desenvolvidos revelaram elevada heterozigosidade esperada para os locos, com uma detecção média de 8,1 alelos por loco. Os marcadores microssatélites demonstraram elevado conteúdo informativo para os estudos de diversidade genética e discriminação genotípica de indivíduos. As sequências originais contendo regiões microssatélites foram depositadas no GenBank (NCBI - National Center for Biotechnology Information). Um estudo de diversidade genética e estrutura de duas populações naturais de Araucaria angustifolia foi desenvolvido utilizando-se locos microssatélites específicos desenvolvidos para a espécie. Para realizar a genotipagem das duas populações: Guamirim Gateado e Parque Ecológico de Lages, foram utilizados dois sistemas de detecção alélica colorimétrico baseado em nitrato de prata, aplicado a sete locos microssatélites e outro com detecção por fluorescência aplicado a nove locos microssatélites. Os resultados mostram que, grande parte da variabilidade genética observada nas duas populações encontra-se dentro das populações e não entre as populações. As análises feitas a partir de genotipagens em sistema com nitrato de prata, superestimaram os valores de heterozigosidade. O sistema de detecção fluorescente mostrou-se necessário quando os marcadores microssatélites são baseados em seqüências de di-nucleotídeo, pois facilitam a análise em sistema "multiplex" utilizados na mesma reação de amplificação e/ou analisados conjuntamente na mesma eletroforese, propiciando redução de gastos e maior confiabilidade nos resultados devido à leitura automática do sistema, baseado no marcador de tamanho de fragmento conhecido. As comparações das análises populacionais feitas nos distintos sistemas de detecção revelaram que o sistema de detecção com fluorescência, é significativamente mais preciso devido à presença de bandas fantasmas, formadas pela separação das duas fitas de DNA durante a eletroforese, detectadas nas análises com nitrato de prata. Diferenças estatisticamente significativas entre os valores de heterozigosidade das duas populações estudadas foram obtidas com marcadores isoenzimáticos, fato este que não foi confirmado com o uso de marcadores microssatélites (0,87 e 0,86 para He e de 0,59 e 0,58 para Ho, respectivamente). Marcadores isoenzimáticos revelaram diferença estatística na estrutura genética entre as duas populações. No estudo com marcadores microssatélites não foi detectada divergência significativa entre as duas populações estudadas (FST=0,023). (Instituição financiadora: FAO - Food and Agriculture Organization of the United Nations/Ministério do Meio Ambiente).