Expressão diferencial e diversidade de fatores de transcrição da família MYB em Feijão-Caupi

• Main Author: MATOS, Mitalle Karen da Silva
• Other Authors: http://lattes.cnpq.br/7796654028353519
• Language: br
• Published: Universidade Federal de Pernambuco 2016
• Subjects: Bioinformática; Perfil de Expressão Gênico; Vigna unguiculata; Estresse ambiental; Genes Housekeeping; Bioinformatics; Gene Expression Profiling; Environmental stress; Housekeeping genes
• Online Access: https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/17336

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa ([e-mail]) on 2016-07-12T13:09:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertacao_MitalleMatos_PPGG.pdf: 3448234 bytes, checksum: fe598459348fe967a8f1c2e5067f7d99 (MD5) === Made available in DSpace on 2016-07-12T13:09:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertacao_MitalleMatos_PPGG.pdf: 3448234 bytes, checksum: fe598459348fe967a8f1c2e5067f7d99 (MD5) Previous issue date: 2015-03-02 === CNPq === Danos causados por doenças virais estão entre os principais fatores limítrofes da produtividade do feijão-caupi. Em condições de estresse os fatores de transcrição (TFs) participam ativamente das etapas iniciais do processo de detecção e sinalização, regulando a expressão de vários grupos gênicos. Neste sentido, objetivou-se caracterizar TFs da família MYB e avaliar sua expressão diferencial frente à infecção viral, bem como determinar genes de referência (RGs) para normalização dos dados em RT-qPCR sob diferentes condições de estresse e controles. Por meio de análises in silico no banco NordEST, identificamos no transcriptoma do feijão-caupi um total de 86 candidatos a TF MYB, classificados em três subfamílias. A análise dos componentes estruturais do domínio R2R3-MYB permitiu observar a conservação dos aminoácidos característicos desta classe protéica em feijão-caupi. Por sua vez, o padrão de distribuição em pseudocromossomos de Phaseolus vulgaris indicou que genes MYB sofreram duplicações em tandem e intercromossomais, contribuindo para sua expansão no feijão-caupi. A análise filogenética formou 18 subclados, apoiados pela estrutura dos motivos funcionais da região C-terminal das proteínas. Das tags SuperSAGE diferencialmente expressas sob infecção viral, três foram reguladas positivamente, indicando a participação de candidatos MYB na resposta ao estresse viral. Dos sete RGs avaliados em três conjuntos experimentais, β-tubulina, Skip16 e Act2/7 + Skip16 foram as melhores combinações para seca, salinidade e vírus, respectivamente, podendo ser recomendados como normalizadores para estudos de expressão diferencial em feijão-caupi. Neste estudo identificamos a maior família de TFs em plantas observando sua participação ativa na resposta de defesa contra estresses em feijão-caupi. === Damages caused by viral diseases are among the main factors affecting the cowpea productivity. Under stress conditions, transcription factors (TFs) actively participate in the initial stages of the detection and signaling process by regulating the expression of various gene groups. In this sense, the objective of the present work was to characterize members of the MYB TF-family and evaluate their differential expression under viral infection, also determining reference genes (RGs) for data normalization in RT-qPCR under different stress and control conditions. Using in silico approaches to analyze the NordEST databank, a total of 86 MYB TF-candidates could be identified, being classified into three subfamilies. An analysis of the structural components of the R2R3-MYB domain allowed the identification of conserved amino acid residues of this protein class in cowpea. In turn, the MYB distribution pattern in the pseudochromosomes of Phaseolus vulgaris indicated that MYB members suffered in tandem and interchromosomal duplications, contributing to their expansion in cowpea. Phylogenetic analysis formed 18 subclades, supported by structural features of motifs in the C-terminal region of the protein. Of differentially expressed SuperSAGE tags under viral infection, three were upregulated, indicating the involvement of MYB candidates in response to viral stress. Considering the seven tested RGs under three experimental conditions, β-tubulin, Skip16 and Act2/7 + Skip16 were the best combinations for drought, salinity and viruses, respectively, recommended as normalizer genes in studies of differential expression in cowpea. In the present work we identified members of the largest family of TFs in plants observing their active participation in defense against stress response in cowpea.