Diversidade microbiana do trato genital feminino

• Main Authors: Lira, Évelyn Costa, 991286357, https://orcid.org/0000-0003-1863-7416
• Other Authors: [e-mail]
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Federal do Amazonas 2018
• Subjects: Diversidade microbiana; Vagina; Gene 16S rRNA; Bactéria; Ion PGM; CIÊNCIAS BIOLÓGICAS: MICROBIOLOGIA
• Online Access: https://tede.ufam.edu.br/handle/tede/6756

Submitted by Évelyn Lira ([e-mail]) on 2018-11-03T15:34:17Z No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Carta de Encaminhamento.pdf: 120410 bytes, checksum: d948e19f5bae8bee2cb485c166efda6d (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) === Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia ([e-mail]) on 2018-11-06T20:43:46Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Carta de Encaminhamento.pdf: 120410 bytes, checksum: d948e19f5bae8bee2cb485c166efda6d (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) === Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central ([e-mail]), reason: A carta anexada deve ser a "Carta de Encaminhamento para o Autodepósito" disponível em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes Dúvidas? [e-mail] on 2018-11-07T12:20:35Z (GMT) === Submitted by Évelyn Lira ([e-mail]) on 2018-11-07T13:48:25Z No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 146139 bytes, checksum: 0b1a55433f2ef8e007ce7d6045af2443 (MD5) === Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia ([e-mail]) on 2018-11-07T14:13:03Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 146139 bytes, checksum: 0b1a55433f2ef8e007ce7d6045af2443 (MD5) === Rejected by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central ([e-mail]), reason: O Documento anexado como "Carta de Autodepósito" não é o documento exigido. O documento que deve ser anexado é a "Carta de Encaminhamento para o Autodepósito" disponível em http://biblioteca.ufam.edu.br/servicos/teses-e-dissertacoes Dúvidas? [e-mail] on 2018-11-07T14:56:48Z (GMT) === Submitted by Évelyn Lira ([e-mail]) on 2018-11-07T15:22:23Z No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) === Approved for entry into archive by PPGBIOTEC Biotecnologia ([e-mail]) on 2018-11-12T19:17:48Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) === Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central ([e-mail]) on 2018-11-12T20:47:54Z (GMT) No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) === Made available in DSpace on 2018-11-12T20:47:54Z (GMT). No. of bitstreams: 3 TESE_Évelyn Costa Lira.pdf: 5199119 bytes, checksum: 3542649866fd36a1d250872b70b7f22e (MD5) Diploma de Doutorado ou Ata de Defesa.pdf: 129558 bytes, checksum: 3cdafbe7ae427bf6a30e4dd767a402e5 (MD5) Carta de Encaminhamento para Autodepósito.pdf: 33896 bytes, checksum: cbb2fa1f7645982868cec33dd021fd5d (MD5) Previous issue date: 2017-11-30 === FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas === The role of the human microbiota in health and disease processes has received increased attention due to the ease of characterization of microbial communities using independent culture methods, which are based on the analysis of hypervariable regions of the gene 16S rRNA. The vaginal microbiota is inhabited by microbial communities that play a very important role in the maintenance of vaginal homeostasis and in the presence of colonization by pathogenic microorganisms, but the mechanisms by which they exert this influence are not yet so well defined. in this context, an understanding of their relative abundance and variations is necessary for the recognition of potential pathogenic microorganisms and the physiological processes of protection of this microbiota. This study evaluated the vaginal microbial diversity in four different conditions: I Microbiota Normal II Vaginal Candidosis Microbiota III Bacterial vaginosis microbiota IV microbiota presenting pre-malignant and malignant lesions of the cervix. Cervical samples from 187 women were collected, characterized and diagnosed at the molecular level for the presence of HPV, C. trachomatis, T. vaginalis e N. gonorrhoeae. HPV positive samples were genotyped at ABI 3500 and HPV co-infection were related to the presence of other pathogens and socio-economic and clinical factors obtained through the questionnaire filled out by the volunteers. Significance and association analyzes were performed using the Chi-square Test of Pearson, exact of Fischer’s Test and Kruskal-Wallis test using R 2.9.0. After the groups were composed, four libraries of amplicons of the regions V1-V2 of the gene 16S rRNA and, later sequenced on Ion PGM platform. The sequences generated were analyzed using the QIIME and classified by comparison in the Greengenes database. the prevalence found for HPV was 51.33%, and the most prevalent types were HPV 16, 58 and 33. The prevalence found for CT and TV were 6.42% and 12.83%, respectively, with co- HPV / CT infection in 5.20% and HPV / VT in 6.25% of the women. The DNA of N. gonorrhoeae were not found in samples. as to the estimation of microbial diversity, the number of samples sequenced was enough to guarantee coverage of the total diversity found. Overall abundancy revealed a predominance of the genus lactobacillus on the four study groups, followed by the genres Ureaplasma, Prevotella and Shuttleworthia, followed by the study groups. the greatest microbial diversity was found in the vaginosis group, with the most abundant genera Prevotella, Shuttleworthia and Megasphaera, followed by the lesion group, abundance of genders Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia. The differences at the species level are extremely necessary for the understanding of the physiological role of the vaginal microbial in the maintenance of autochthonous balance and of pathogenic mechanisms in the development of diseases related to vaginal microbiota. In addition, an understanding of the functionality of the types of CST is necessary to complement what we already know about its structure. Studies are needed to investigate the changes and stability of this microbiota. === O papel da microbiota humana nos processos de saúde e doença tem recebido maior atenção devido à facilidade para a caracterização das comunidades microbianas utilizando os métodos independentes de cultivo, que se baseiam na análise das regiões hipervariáveis do gene 16S rRNA. A microbiota vaginal é habitada por comunidades microbianas que exercem papel importantíssimo para a manutenção da homeostase vaginal e prevenção da colonização por microrganismos patogênicos, mas os mecanismos pelos quais exercem essa influência ainda não são tão bem definidos. Neste contexto, uma compreensão quanto a sua abundância relativa e variações é necessária para o reconhecimento de microrganismos patogênicos potenciais e de processos fisiológicos de proteção dessa microbiota. Este estudo avaliou a diversidade microbiana vaginal em quatro condições distintas: I. microbiota autóctone; II. Microbiota apresentando candidose vaginal; III. microbiota apresentando vaginose bacteriana e; IV. microbiota apresentando lesões pré-malignas e malignas do colo do útero. Amostras cervicais de 187 mulheres foram coletadas, caracterizadas e diagnosticadas a nível molecular quanto à presença de HPV, C. trachomatis, T. vaginalis e N. gonorrhoeae. Amostras HPV+ foram genotipadas em ABI 3500 e a co-infecção do HPV foi relacionada à presença dos outros patógenos e fatores sócio-econômicos e clínicos obtidos através do questionário preenchido pelas voluntárias. Análises de significância e associação foram realizadas através dos Testes Qui-Quadrado de Pearson, Exato de Fischer e Kruskal-Wallis utilizando o R 2.9.0. Após a composição dos grupos, foram montadas quatro bibliotecas de amplicons das regiões V1-V2 do gene 16S rRNA e, posteriormente sequenciadas em plataforma Ion PGM. As sequências geradas foram analisadas utilizando o QIIME e classificadas por comparação no banco Greengenes. A prevalência encontrada para HPV foi de 51,33% sendo que os tipos mais prevalentes foram HPV 16, 58 e 33. As prevalências encontradas para CT e TV foram de 6,42% e 12,83%, respectivamente, sendo observadas co-infecção HPV/CT em 5,20% e HPV/TV em 6,25% das mulheres. O DNA de N. gonorrhoeae não foi encontrado nas amostras. Quanto à estimativa da diversidade microbiana, o número de amostras sequenciado foi suficiente para garantir a cobertura da diversidade total encontrada. A abundância geral revelou predominância do gênero Lactobacillus nos quatro grupos de estudo, seguido pelos gêneros Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia entre os grupos estudados. A maior diversidade microbiana foi encontrada no grupo Vaginose, tendo como gêneros mais abundantes Prevotella, Shuttleworthia e Megasphaera, seguido pelo grupo Lesão, com abundância dos gêneros Ureaplasma, Prevotella e Shuttleworthia. As diferenças a nível de espécie são extremamente necessárias para o entendimento do papel fisiológico da microbiota vaginal na manutenção do equilíbrio autóctone e de mecanismos patogênicos no desenvolvimento de doenças relacionadas à microbiota vaginal. Além disso, uma compreensão da funcionalidade dos tipos de CST é necessária para complementar o que já sabemos sobre sua estrutura. Estudos são necessários para investigar as mudanças e a estabilidade desta microbiota.