Desenvolvimento de locos de microssatélites para Trema micrantha

• Main Author: Mélo, Ana Rita Quemel
• Other Authors: Lopes, Maria Teresa Gomes
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Federal do Amazonas 2015
• Subjects: Cannabaceae; Molecular marker; Genetic diversity; Crindiúva; Marcador molecular; Diversidade genética; CIÊNCIAS AGRÁRIAS: RECURSOS FLORESTAIS E ENGENHARIA FLORESTAL
• Online Access: http://tede.ufam.edu.br/handle/tede/4295

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No. of bitstreams: 1 Dissertação-Ana R Q Mélo.pdf: 762799 bytes, checksum: c0057deb15a04035e51d66223ad7c2fb (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 === CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior === Trema micrantha (L.) Blume is a native forest species of Brazil, a pioneer and rapid growth. The species has a wide range of benefits, from use as raw material to soil conservation and recovery of normal forest conditions. The wood is used for light buildings and as firewood. There has been fragmentation of populations of tree species in the Amazon due to deforestation for agriculture or by extraction. This study aimed to develop specific microsatellite primers for Trema micrantha species and characterize the genetic diversity of a natural population of this species. Thus, we developed microsatellite loci isolated from a genomic library enriched with these markers, which were used to characterize a population with T. micrantha of individuals, coming from Manaus, Amazonas. Were randomly identified in the study area, 30 trees to represent the population. The study provided information on the genetic diversity of the population based on estimates of allelic and genotypic frequencies, was estimating the magnitude and distribution of genetic variability within the sampling area. From the developed genomic library was obtained and sequenced a total of 120 colonies. From the colonies were identified 41 designed and selected microsatellite, which is 34.17% enrichment. Among these, 11 microsatellites showed amplification products to 60° C, 6 (54.5%) monomorphic for the group of subjects studied. The expected heterozygosity values (He) ranged from 0.171 to 0.717, with an average of 0.438. The observed heterozygosity (Ho) ranged from 0.133 to 0.308, with an average of 0.196. The Tmi04, Tmi28 and Tmi36 markers shown to be moderately informative. Microsatellite markers synthesized in this work can be used for polymorphism analysis of individuals of T. micrantha other genetic studies. The genotypes analyzed showed an excess of homozygosity in most loci, suggesting strong inbreeding in the population studied. === Trema micrantha (L.) Blume é uma espécie florestal nativa do Brasil, pioneira e de crescimento rápido. A espécie apresenta ampla gama de benefícios, desde uso como matéria prima até a conservação do solo e da recuperação de condições normais da floresta. A madeira é usada para edificações leves e como lenha. Tem-se verificado fragmentação de populações das espécies arbóreas na Amazônia devido ao desmatamento para agricultura ou pelo extrativismo. Este trabalho teve como objetivo desenvolver iniciadores microssatélites específicos para a espécie Trema micrantha e caracterizar a diversidade genética de uma população natural dessa espécie. Para tanto, foram desenvolvidos locos de microssatélites isolados a partir de uma biblioteca genômica enriquecida com esses marcadores, os quais foram usados para caracterizar uma população com indivíduos de T. micrantha, oriundos de Manaus, Amazonas. Foram identificados aleatoriamente na área de estudo, 30 árvores para representar a população. O estudo gerou informações sobre a diversidade genética da população com base nas estimativas das frequências alélicas e genotípicas, foi estimando a magnitude e a distribuição da variabilidade genética dentro da área de amostragem. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 120 colônias. A partir das colônias foram identificados, desenhados e selecionados 41 microssatélites, o que representa 34,17% de enriquecimento. Dentre estes, 11 microssatélites apresentaram produtos de amplificação à 60 oC, sendo 6 (54,5%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,171 a 0,717, com média de 0,438. A heterozigosidade observada (Ho) variou de 0,133 a 0,308, com média de 0,196. Os marcadores Tmi04, Tmi28 e Tmi36 demonstraram ser moderadamente informativos. Os marcadores microssatélites sintetizados nesse trabalho poderão ser utilizados para a análise de polimorfismo de indivíduos de T. micrantha em outros estudos genéticos. Os genótipos analisados apresentaram um excesso de homozigose na maioria dos locos estudados, sugerindo forte endogamia na população analisada.