Desenvolvimento de marcadores de microssatélites e diversidade genética em acessos de Lippia alba (Mill.) N.E.Br. (Verbenaceae)

• Main Author: Lopes, Juliana Mainenti Leal
• Other Authors: Viccini, Lyderson Facio
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF) 2017
• Subjects: CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS; Lippia alba; Verbenaceae; Sequenciamento paralelo em massa; Microssatélite; Diversidade genética; Massive parallel sequencing; Microsatellite; Genetic diversity
• Online Access: https://repositorio.ufjf.br/jspui/handle/ufjf/4274

Submitted by [e-mail] ([e-mail]) on 2017-04-27T13:44:40Z No. of bitstreams: 1 julianamainentileallopes.pdf: 2178130 bytes, checksum: ac4968430d3e36932e81380861925cd4 (MD5) === Approved for entry into archive by Adriana Oliveira ([e-mail]) on 2017-05-12T15:49:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 julianamainentileallopes.pdf: 2178130 bytes, checksum: ac4968430d3e36932e81380861925cd4 (MD5) === Made available in DSpace on 2017-05-12T15:49:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 julianamainentileallopes.pdf: 2178130 bytes, checksum: ac4968430d3e36932e81380861925cd4 (MD5) Previous issue date: 2015-03-03 === CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior === CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico === FAPEMIG - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais === Estudos recentes sugerem que a duplicação completa dos genomas é muito mais comum do que sua estabilidade, ocorrendo em todas as angiospermas. Nesse contexto, Lippia alba (Mill.) N.E.Br. (Verbenaceae) constitui um modelo interessante de estudo, pois além de ser a espécie mais estudada dentro do gênero Lippia, é amplamente utilizada na medicina popular apresentando importância econômica, sobretudo em função da riqueza de seus óleos essenciais. Estudos recentes demonstraram a existência de pelo menos cinco diferentes níveis de ploidia em Lippia alba, revelando grande plasticidade do genoma. A fim de contribuir para entender a variação genética e o processo de poliploidização em Lippia alba, o presente trabalho objetivou identificar novos marcadores genéticos do tipo microssatélite e estimar a diversidade genética em 100 acessos de Lippia alba. Foram avaliados nove loci já descritos e 16 novos marcadores. O tamanho dos fragmentos foi detectado por eletroforese capilar usando o sequenciador MegaBACE1000 (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). A identificação dos alelos foi inferida utilizando o software Fragment Profile (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). Os dados finais foram exportados para uma planilha do Excel® e foram transformados nos arquivos de entrada específicos para cada programa computacional. Os valores de PIC (polymorphism information content) e heterozigosidade foram calculados por meio do programa Cervus v3.0.7. Os coeficientes de similaridades de Jaccard e Dice foram calculados para construir um dendrograma de acordo com o algoritmo UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) por meio dos softwares NTSYS e PAST. Para a análise por inferência Bayesiana, foi utilizado o programa STRUCTURE v 2.3.4. Foi possível observar a formação de grupos de acordo com o nível de ploidia e inferir a possível origem de alguns citótipos baseada na similaridade genética entre os acessos. Os resultados contribuem para fortalecer a hipótese de que os acessos tenham surgido por autopoliploidia. === Recent studies suggest that complete genome duplication is much more common than its stability, occurring in almost all angiosperms. Lippia alba (Mill.) N.E.Br. (Verbenaceae), is the most studied species within the genus Lippia, and it is widely used in folk medicine presenting economic importance mainly due to the richness of their essential oils. Recent studies have demonstrated the existence of at least five different ploidy levels in Lippia alba revealing a large genome plasticity making the species an interesting model of study. To better understand the genetic variation and the polyploidization process in Lippia alba, this study aimed to identify new genetic microsatellite markers and estimate the genetic diversity for 100 Lippia alba accessions. We assessed 9 loci already described and 16 new markers. The size of the fragments was detected by capillary electrophoresis using MegaBACE1000 sequencer (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). The identification of alleles was inferred using the Fragment Profile software (GE Healthcare, Buckinghamshire, UK). Final data were exported to an Excel spreadsheet according to the input files of each software used. PIC values (polymorphism information content) and heterozygosity were calculated using Cervus v3.0.7 software. Jaccard and Dice similarity coefficient were calculated to construct a dendrogram according to UPGMA algorithm (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) using NTSYS and PAST softwares. Bayesian inference analysis was performed using STRUCTURE v 2.3.4 program. It was possible to observe the formation of groups according to the ploidy level and infer the possible origin of some cytotypes based on genetic similarity among accessions. Results contribute to support the hypothesis that the cytotypes have emerged by autopolyploidy.