Detecção e caracterização molecular de picobirnavirus em fezes de bezerros naturalmente infectados

• Main Author: Macedo, Rúbia
• Other Authors: Takiuchi, Elisabete
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: 2015
• Subjects: Ciência animal; Teses; Ciência Animal
• Online Access: http://hdl.handle.net/1884/37089

Orientadora : Profª. Drª. Elisabete Takiuchi === Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor Palotina, Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal. Defesa: Palotina, 17/10/2014 === Inclui referências === Área de concentração: Saúde animal === Resumo: Picobirnavírus (PBV) pertencem à família Picobirnaviridae, tendo como espécies tipo o Human picobirnavirus e Rabbit picobirnavirus. São pequenos vírus não envelopados, cujo genoma é constituído por dois segmentos genômicos de RNA dupla fita. diarreicasA patogenia e os mecanismos da infecção por PBV e sua associação a gastroenterites ainda não estão elucidados, atualmente são tidos como agentes emergentes e oportunistas e seu potencial zoonótico foi sugerido. As técnicas utilizadas para a identificação desses vírus são: eletroforese em gel de poliacrilamida (EGPA) e RT-PCR. A primeira permite diferenciar os PBV pelas diferenças de migração dos seus segmentos genômicos. Já na RT-PCR permitem sua diferenciação em genogrupo I ou II. Este estudo objetivou a detecção e a caracterização molecular de PBV em bovinos naturalmente infectados. Foram analisadas 289 amostras de fezes de bezerros com idade inferior a 60 dias de idade para a presença de PBV utilizando a técnica EGPA, após realizou a confirmação por RT-PCR para genogrupo I e sequenciamento. Foi detectada uma incidência de 8,3% (24/284) de PBV pela técnica EGPA, sendo que o perfil curto de migração foi o mais detectado (79,2%), o perfil longo foi encontrado em 20,8% das amostras, sendo o primeiro deste eletroferótipo descrito em bovinos. Das amostras positivas para PBV identificadas, 75% (18/24) eram representativas de animais com quadro clínico de diarreia, além de sete amostras (29,17%) apresentaram co-infecção por oocistos de Cryptosporidium spp. Pela técnica de RT-PCR, 15 amostras (62,5%) resultaram em amplificados de 201 pares de bases (bp), referente ao gene RdRp (segmento 2) e realizou-se o sequenciamento da primeira amostra de PBV bovino brasileira. A análise da matriz de identidade de nucleotídeos demonstrou que a amostra Bovine PBV18, denominada neste estudo, apresentou maior identidade (81%) com PBV detectado em peru (MD-2010/HM803965) e menor identidade (62,3%) com o protótipo PBV bovino RUBV-P detectado na Índia. Este trabalho apresenta a primeira obtenção de sequências de nucleotídeos de PBV de bovinos no continente americano e a primeira detecção de PBV perfil longo em bovinos. Palavras chaves: Picobirnavírus, Bovino, EGPA, RT-PCR === Abstract: Picobirnavirus (PBV) belongs to the Picobirnaviridae family, with Human picobirnavirus and Rabbit picobirnavirus as the type species. PBV are small non-enveloped viruses, whose genomes comprise two genomic segments of double-stranded RNA. The pathogenesis and infection mechanisms PBV and its association with gastroenteritis have not been elucidated. Currently, are considered emerging and opportunistic agents and their zoonotic potential was suggested. The techniques used for the identification of these viruses are: polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) and RT-PCR. The first technique allows differentiating PBV by differences in migration of its genome segments. The RT-PCR allows their differentiation into genogroup I or II. This study aimed to detection and molecular characterization of PBV in naturally infected cattle. Two hundred eighty-nine (289) stool samples from calves under 60 days old were analyzed, looking for the presence of PBV using the PAGE technique. After this, the confirmation by RT-PCR for genogroup I and sequencing was performed. An incidence of 8.3% (24/284) of PBV was detected by PAGE technique, wherein the short migration profile was more detected (79.2%). The long profile was found in 20.8% of samples, being the first one electropherotyping was described in cattle, of which 75% (18/24) were representative of animals with clinical diarrhea. In addition, seven samples (29.17%) had co-infection with Cryptosporidium spp. By RT-PCR technique, 15 samples (62.5%) resulted in amplified 201 base pairs (bp), for the RdRp gene (segment 2) and carried out the sequencing of the first sample of Brazilian bovine PBV. The analysis of nucleotide identity matrix showed that the sample Bovine PBV18, named in this study, had higher identity (81%) with PBV detected in turkey (MD-2010 / HM803965) and less identity (62.3%) with the prototype bovine RUBV PBV-P detected in India. This work presents the first obtaining nucleotide sequencing of bovine PBV in the Americas and the first detection of long profile PBV in cattle. Key words: Picobirnavirus, bovine, PAGE, RT-PCR