| Summary: | === The aim of this study was to standardize a microsatellites panel for buffalo genetic identification test as well as the study of genetic characterization by means of analyzes of variability and distance amog the four buffalo breeds recognized by the Brazilian Association of Builders Buffaloes (Carabao, Jaffarabadi, Mediterranean and Murrah) and crossbred buffaloes raised in Brazil. Were evaluated 590 buffaloes using 20 microsatellite markers recommended by ISAG/2010 (International Society for Animal Genetics). The panel of 13 microsatellite markers developed exhibited high PIC (0.6). The data confirm the reliability and efficiency of the markers analyzed for genetic identification tests as to the genealogy. To evaluate the genetic characterization were observed a low heterozygosity deficit (Fis = 0.077), but the populations had intermediate genetic structure (Fst = 0.163) . There was deviation from HW in 15 of 20 microsatellite markers. These data may be due to the small number of properties, the selection of bulls, the high level of inbreeding , the possibility of sharing the same common ancestor and the Buffaloes cross between Rio and Marsh , when introduced in Brazil . The population structure determined k = 2 , featuring full separation between the two varieties of buffaloes, Bubalus bubalis var bubalis and B. bubalis var. kerebau, River and Wamp buffaloes, respectively. This information on the genetic characterization are necessary for the development of genetic identification and paternity testing for complementation of genetic conservation programs and an appropriate program of buffalo breeding . === O objetivo do presente trabalho foi a padronização do painel de microssatélites para testes de identificação genética e de paternidade bubalina, bem como o uso do mesmo em estudo de caracterização genética, por meio das análises de variabilidade e distância entre as quatro raças bubalinas reconhecidas pela Associação Brasileira de Criadores de Búfalos (Carabao, Jafarabadi, Mediterrânea e Murrah) e de mestiços de búfalos criados no Brasil. Foram avaliados 590 búfalos por meio de 20 marcadores microssatélites recomendados pela ISAG/2010 (International Society Animal Genetics). O painel principal padronizado com 13 marcadores microssatélites apresentou elevado PIC (0,6). Os dados confirmam a confiabilidade e a eficiência dos marcadores analisados tanto para testes de identificação genética quanto para o de genealogias. Para a caracterização genética de bubalinos foram utilizados os 20 marcadores. Foi observado pequeno déficit de heterozigosidade (Fis=0,077), porém as populações apresentaram estrutura genética intermediária (Fst=0,163). Houve desvio de HW em 15 dos 20 marcadores microssatélites. Estes dados podem ser devido ao reduzido número de propriedades, à seleção de touros, ao elevado índice de endogamia e ao cruzamento entre búfalos de Rio e de Pântano, quando foram introduzidos no Brasil. O resultado do estudo da caracterização genética da estrutura populacional determinou a formação de dois clusters, ou seja, total separação entre as duas variedades bubalinas, búfalos de Rio (Bubalus bubalis var. bubalis) e de Pântano (B. bubalis var. kerebau). Estas informações sobre a caracterização genética são necessárias para programas de conservação genética e para um adequado programa de melhoramento genético bubalino.
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