PA³P: uma nova ferramenta para determinação in silico da alergenicidade e antigenicidade de proteínas

• Main Authors: Boeck, Anna Carolina, Boldo, Juliano Tomazzoni
• Format: Others
• Language: Portuguese
• Published: Universidade Federal do Pampa 2017
• Subjects: Protein analysis; Bioinformatics; Prediction; Transgenic; Análise de Proteínas; Bioinformática; Predição; Transgênico; Transgenes; Proteínas
• Online Access: http://dspace.unipampa.edu.br:8080/xmlui/handle/riu/1616

Submitted by Ana Damasceno ([e-mail]) on 2017-06-07T21:02:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) PA³P uma nova ferramenta para determinação in silico da alergenicidade e antigenicidade de proteínas.pdf: 4093415 bytes, checksum: 0bc76850b4fffd6e3c97f8f6a339dc0b (MD5) === Made available in DSpace on 2017-06-07T21:02:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) PA³P uma nova ferramenta para determinação in silico da alergenicidade e antigenicidade de proteínas.pdf: 4093415 bytes, checksum: 0bc76850b4fffd6e3c97f8f6a339dc0b (MD5) Previous issue date: 2016-05-05 === Uma das preocupações envolvendo a expressão de diferentes proteínas heterólogas em alimentos é a possibilidade do desenvolvimento de reações alérgicas ou antigênicas nos consumidores finais. A Food and Agriculture Organization of the United Nations juntamente com a World Health Organization definiram que uma sequência de aminoácidos seria considerada alergênica/antigênica quando apresentasse ao menos 35 % de identidade em uma janela de 80 aminoácidos ou 6 – 8 aminoácidos contíguos e idênticos quando comparada com sequências de alergénos conhecidos. Para categorizar proteínas alergênicas ou antigênicas foi construída uma plataforma (chamada Plataforma de Análise da Alergenicidade e Antigenicidade de Proteínas – PA³P – e disponível em http://lpa.saogabriel.unipampa.edu.br:8080/pa3p/index.jsp ou http://pluriserver.com.br/pa3p/) que congrega um conjunto de ferramentas específicas para tais análises. A plataforma fora construída através da linguagem de programação Java e HTML. Desta forma, foram separados grupos de proteínas alergênicas/antigênicas de não alergênicas/não antigênicas com redução dos casos de falsos positivos ou falsos negativos. As análises complementares utilizadas neste trabalho são necessárias, pois a metodologia proposta pela Food and Agriculture Organization of the United Nations juntamente com a World Health Organization é insuficiente, gerando resultados duvidosos. A plataforma construída neste trabalho obteve valores de 98 % de sensibilidade e 96 % de especificidade, comparada com 89 % e 85 %, respectivamente, dos testes utilizados isoladamente. Esta plataforma pode ser utilizada para embasar a decisão de utilizar determinada proteína na construção de um Organismo Geneticamente Modificado com finalidade nutricional. === A major drawback involving heterologous protein expression in organisms used for human consumption is the possibility of allergenic or antigenic reactions. Both Food and Agriculture Organization of the United Nations and World Health Organization determined that a potentially allergenic protein world present at least 35 % identity in a 80 amino acid window or 6 – 8 contiguous and identical amino acids when compared with known allergens. In order to assess the allergenic or antigenic potential of a given protein, the Platform for Analysis of Allergenicity and Antigenicity of Proteins (PA³P – available at http://lpa.saogabriel.unipampa.edu.br:8080/pa3p/index.jsp or http://pluriserver.com.br/pa3p/) was developed. The platform was constructed using Java and HTML programming languages. It was p ssible to discriminate allergenic/antigenic from non-allergenic/non-antigenic proteins, with reduction of false positive and false negative samples. The additional analyses used in the platform are necessary, since the insufficient FAO and WHO proposed methods, rendering doubtable results. In our tests, PA³P presented 98% sensibility and 96% specificity when compared with the web tools used independently (89 and 85%, respectively). This tool has a potential to contribute to decision making regarding the of a given protein in GMO construction with nutritional intent.