Synthèse et caractérisations de nouvelles sondes fluorescentes et réactifs chimiques pour l'étude structurale de l'ARN

• Main Author: Barhoum, Patrick
• Language: fra
• Published: Université de Strasbourg 2013
• Subjects: [CHIM:OTHE] Chemical Sciences/Other; [CHIM:OTHE] Chimie/Autre; [SDV:SA] Life Sciences/Agricultural sciences; [SDV:SA] Sciences du Vivant/Sciences agricoles; [SDV:AEN] Life Sciences/Food and Nutrition; [SDV:AEN] Sciences du Vivant/Alimentation et Nutrition; ARN; VIH-1; HSHAPE; BigDyes; Anhydrides isatoïques; Génome entier; In virio
• Online Access: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00998937; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/99/89/37/PDF/BARHOUM_Patrick_2013_ED414.pdf

L'étude de la structure de l'ARN est reconnue un sujet d'actualité qui permet de connaître sa fonction. Il existe différentes techniques enzymatiques ou chimiques classiques et récentes couplées au séquençage à haut débit pour étudier la structure de l'ARN. Le projet de thèse vise l'optimisation de deux techniques de cartographie déjà existantes et se divise en deux parties. La première partie concerne l'optimisation de la technique de hSHAPE et ceci en synthétisant de nouvelles sondes fluorescentes à transfert d'énergie capables d'étudier de faibles quantités d'ARN et adaptées au séquenceur d'ADN. Mon travail a permis la synthèse de 5 molécules fluorescentes intermédiaires et l'obtention d'une sonde finale. L'étude de cette sonde a montrée que l'interaction entre les deux fluorophores est majoritairement due à un mécanisme de couplage excitonique causé par la flexibilité et la distance entre les deux entités fluorescentes. De plus, les propriétés de la molécule sont fortement dépendantes du solvant. Dans la deuxième partie, nous cherchons à optimiser la cartographie en solution afin d'étudier le génome entier du VIH-1 in virio. Pour cela, nous avons synthétisé 4 molécules dérivées de l'anhydride isatoïque et modifiées sur la fonction amine N1 par un groupement propyn-2-yle. Nous avons aussi préparé 8 molécules de référence. De plus, des études préliminaires réalisées sur l'ARN 1-311 du VIH-1 ont montré que nos composés modifient l'ARN et qu'il est possible de fixer la biotine-PEG3-azoture par click chemistry sur les ARN ainsi modifiés.