L'analyse structurale de complexes protéine/ligand et ses applications en chémogénomique

• Main Author: Desaphy, Jérémy
• Language: fra
• Published: Université de Strasbourg 2013
• Subjects: [SDV:SA] Life Sciences/Agricultural sciences; [SDV:SA] Sciences du Vivant/Sciences agricoles; Chémoinformatique; Chémogénomique; Bioinformatique; Profilage; Criblage virtuel; Site de liaison; Interactions protéine/ligand; Bioisostères; Interactions non-covalentes
• Online Access: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00997394; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/99/73/94/PDF/DESAPHY_Jeremy_2013_ED222.pdf

Comprendre les interactions réalisées entre un candidat médicament et sa protéine cible est un enjeu crucial pour orienter la recherche de nouvelles molécules. En effet, ce processus implique de nombreux paramètres qu'il est nécessaire d'analyser séparément pour mieux comprendre leurs effets.Nous proposons ici deux nouvelles approches observant les relations protéine/ligand. La première se concentre sur la comparaison de cavités formées par les sites de liaison pouvant accueillir une molécule. Cette méthode permet d'inférer la fonction d'une protéine mais surtout de prédire " l'accessibilité " d'un site de liaison pour un médicament. La seconde tactique se focalise sur la comparaison des interactions non-covalentes réalisées entre la protéine et le ligand afin d'améliorer la sélection de molécules potentiellement actives lors de criblages virtuels, et de rechercher de nouveaux fragments moléculaires, structuralement différents mais partageant le même mode d'interaction.