Décomposition par séparateurs minimaux complets et applications

• Main Author: Pogorelcnik, Romain
• Language: English
• Published: Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II 2012
• Subjects: [SPI:OTHER] Engineering Sciences/Other; [SPI:OTHER] Sciences de l'ingénieur/Autre; [INFO:INFO_OH] Computer Science/Other; [INFO:INFO_OH] Informatique/Autre; Décomposition par séparateurs minimaux complets; Treillis de Galois; Réseaux de similarités; Réseaux de co-expression; Gènes fusionnés; Graphe triangulé
• Online Access: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00824116; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/82/41/16/PDF/POGORELCNIK-2012CLF22300.pdf

Nous avons utilisé la décomposition par séparateurs minimaux complets. Pour décomposer un graphe G, il est nécessaire de trouver les séparateurs minimaux dans le graphe triangulé H correspondant. Dans ce contexte, nos premiers efforts se sont tournés vers la détection de séparateurs minimaux dans un graphe triangulé. Nous avons défini une structure, que nous avons nommée 'atom tree'. Cette dernière est inspirée du 'clique tree' et permet d'obtenir et de représenter les atomes qui sont les produits de la décomposition. Lors de la manipulation de données à l'aide de treillis de Galois, nous avons remarqué que la décomposition par séparateurs minimaux permettait une approche de type 'Diviser pour régner' pour les treillis de Galois. La détection des gènes fusionnés, qui est une étape importante pour la compréhension de l'évolution des espèces, nous a permis d'appliquer nos algorithmes de détection de séparateurs minimaux complets, qui nous a permis de détecter et regrouper de manière efficace les gènes fusionnés. Une autre application biologique fut la détection de familles de gènes d'intérêts à partir de données de niveaux d'expression de gènes. La structure de 'l'atom tree' nous a permis d'avoir un bon outils de visualisation et de gérer des volumes de données importantes.