Découverte d'éléments cis-régulateurs impliqués dans l'activation transcriptionnelle du génome zygotique dans l'embryon précoce de Drosophila melanogaster

• Main Author: Darbo, Elodie
• Language: FRE
• Published: Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II 2011
• Subjects: [SDV:BIBS] Life Sciences/Quantitative Methods; [INFO:INFO_BI] Computer Science/Bioinformatics; bioinformatique; cis-régulation; Drosophila melanogaster; embrogenèse précoce
• Online Access: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00644865; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/65/18/56/PDF/thesis.pdf

Chez les métazoaires, la transcription est inactive durant les étapes précoces du développement embryonnaire. Chez Drosophila melanogaster, des études récentes de l'activation du génome zygotique (AGZ) ont mis en évidence l'implication de quelques acteurs moléculaires (Zelda, STAT92E), mais les mécanismes régulateurs généraux restent à découvrir. En appliquant des méthodes bioinformatiques à l'analyse de données à haut débit de différentes sources, j'ai recherché de nouveaux éléments cis-régulateurs impliqués dans l'AGZ. Tout d'abord, par l'analyse de données transcriptomiques, j'ai sélectionné un groupe de gènes activés pendant l'AGZ. L'analyse de leurs régions non codantes a mis en évidence six motifs, dont trois correspondent à des motifs connus (Zelda, Trl et TTK). La recherche systématique de ces motifs m'a permis de prédire des modules cis-régulateurs (CRMs) potentiels pour lesquels j'ai défini un environnement chromatinien spécifique en analysant des profils d'occupation de (co-) facteurs de transcription pertinents et d'histones modifiées (ChIP-seq) ainsi que des profils d'ouverture de la chromatine. L'ensemble de ces résultats m'a permis de définir un modèle de régulation de l'AGZ et de sélectionner des régions candidates pour une validation expérimentale.