Analyses 'genome entier' de la cohorte griv de patients à profil extrême du sida

• Main Author: Le Clerc, Sigrid
• Language: FRE
• Published: Conservatoire national des arts et metiers - CNAM 2010
• Subjects: [SDV] Life Sciences; Étude d'association 'génome entier'; Vih-1; Snp; Progression; Pathogenèse
• Online Access: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00592265; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/59/22/65/PDF/ThA_se_sigrid_Le_Clerc.pdf

Après 25 ans de recherche intensive, aucun vaccin ou traitement définitif contre le SIDA n'existe, et les mécanismes moléculaires de pathogenèse de l'infection VIH-1 ne sont pas clairement élucidés. Les avancées technologiques permettent de comparer des sujets malades avec des sujets contrôles sur tout le génome. Il est ainsi possible d'identifier sans a priori des gènes potentiellement impliqués dans le développement de la maladie avec pour conséquence le développement rationnel de nouvelles stratégies diagnostiques ou thérapeutiques. Durant ma thèse, j'ai réalisé deux études d'association 'génome entier' dans le SIDA, en comparant les 275 non-progresseurs à long terme ou les 85 progresseurs rapides de la cohorte GRIV avec une cohorte de contrôles séronégatifs. J'ai réalisé une troisième analyse en exploitant les données issues de trois études 'génome entier' internationales dont la nôtre (France, Pays-Bas, USA), ciblant plus particulièrement les SNPs de fréquence faible (fréquence de l'allèle mineur, MAF<5%). Ces approches 'génome entier' ont réaffirmé le rôle central du HLA dans la progression vers le SIDA, mais aussi dévoilé de nouveaux gènes candidats très pertinents donnant une nouvelle lumière sur les mécanismes moléculaires de la maladie.