Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.

Les sites de fixation des facteurs de transcription ou éléments régulateurs sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes. Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l'annotation des génomes et les données transcriptom...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Bernard, Virginie
Language:FRE
Published: Université d'Evry-Val d'Essonne 2009
Subjects:
Online Access:http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444896
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/44/48/96/PDF/BERNARDVirginie_These_Soutenance11decembre2009.pdf
id ndltd-CCSD-oai-tel.archives-ouvertes.fr-tel-00444896
record_format oai_dc
spelling ndltd-CCSD-oai-tel.archives-ouvertes.fr-tel-004448962013-01-07T18:13:06Z http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444896 http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/44/48/96/PDF/BERNARDVirginie_These_Soutenance11decembre2009.pdf Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation. Bernard, Virginie [SDV:BV] Life Sciences/Vegetal Biology Arabidopsis thaliana promoteur site d'initiation de la transcription (TSS) élément régulateur transcription Les sites de fixation des facteurs de transcription ou éléments régulateurs sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes. Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l'annotation des génomes et les données transcriptomiques. Certains éléments régulateurs sont conservés à une position préférentielle dans les promoteurs. Chez A. thaliana, nous avons mis au point une approche pour caractériser de tels motifs. Ce travail a permis de proposer une cartographie des promoteurs en identifiant 5105 motifs caractérisés par une sur-représentation locale dans les promoteurs proximaux. L'étude du promoteur central où est observée la boîte TATA, élément régulateur conservé entre eucaryotes, a été approfondie. Une liste de 15 variants fonctionnels de la boîte TATA a été identifiée, ainsi qu'une nouvelle classe d'éléments régulateurs qui sont caractérisés par des mêmes contraintes topologiques que la boîte TATA : les motifs-TC. Ils sont conservés chez A. thaliana et le riz, Oryza sativa, mais absents chez les mammifères. Les 18% de gènes d'A. thaliana contenant un motif-TC ont tendance à être exprimés dans des conditions expérimentales spécifiques. Ces éléments pourraient participer à la régulation de l'expression des gènes. L'étude de l'élément initiateur YR chez A. thaliana a mis en évidence une extension de ces 4 dinucléotides dans l'UTR 5'. Des associations entre ces éléments régulateurs peuvent montrer une collaboration fonctionnelle. La recherche de caractéristiques fonctionnelles communes aux gènes possédant une même organisation d'éléments régulateurs pourra permettre de contribuer à l'annotation fonctionnelle de ces éléments. 2009-12-11 FRE PhD thesis Université d'Evry-Val d'Essonne
collection NDLTD
language FRE
sources NDLTD
topic [SDV:BV] Life Sciences/Vegetal Biology
Arabidopsis thaliana
promoteur
site d'initiation de la transcription (TSS)
élément régulateur
transcription
spellingShingle [SDV:BV] Life Sciences/Vegetal Biology
Arabidopsis thaliana
promoteur
site d'initiation de la transcription (TSS)
élément régulateur
transcription
Bernard, Virginie
Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
description Les sites de fixation des facteurs de transcription ou éléments régulateurs sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes. Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l'annotation des génomes et les données transcriptomiques. Certains éléments régulateurs sont conservés à une position préférentielle dans les promoteurs. Chez A. thaliana, nous avons mis au point une approche pour caractériser de tels motifs. Ce travail a permis de proposer une cartographie des promoteurs en identifiant 5105 motifs caractérisés par une sur-représentation locale dans les promoteurs proximaux. L'étude du promoteur central où est observée la boîte TATA, élément régulateur conservé entre eucaryotes, a été approfondie. Une liste de 15 variants fonctionnels de la boîte TATA a été identifiée, ainsi qu'une nouvelle classe d'éléments régulateurs qui sont caractérisés par des mêmes contraintes topologiques que la boîte TATA : les motifs-TC. Ils sont conservés chez A. thaliana et le riz, Oryza sativa, mais absents chez les mammifères. Les 18% de gènes d'A. thaliana contenant un motif-TC ont tendance à être exprimés dans des conditions expérimentales spécifiques. Ces éléments pourraient participer à la régulation de l'expression des gènes. L'étude de l'élément initiateur YR chez A. thaliana a mis en évidence une extension de ces 4 dinucléotides dans l'UTR 5'. Des associations entre ces éléments régulateurs peuvent montrer une collaboration fonctionnelle. La recherche de caractéristiques fonctionnelles communes aux gènes possédant une même organisation d'éléments régulateurs pourra permettre de contribuer à l'annotation fonctionnelle de ces éléments.
author Bernard, Virginie
author_facet Bernard, Virginie
author_sort Bernard, Virginie
title Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
title_short Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
title_full Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
title_fullStr Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
title_full_unstemmed Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez Arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
title_sort relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes chez arabidopsis thaliana: vers une annotation des sites de fixation.
publisher Université d'Evry-Val d'Essonne
publishDate 2009
url http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444896
http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/44/48/96/PDF/BERNARDVirginie_These_Soutenance11decembre2009.pdf
work_keys_str_mv AT bernardvirginie relationsentrelorganisationdessitesdefixationdesfacteursdetranscriptionlafonctiondesgenesetlexpressiondesgeneschezarabidopsisthalianaversuneannotationdessitesdefixation
_version_ 1716451749184667648