Développement et applications de méthodes RMN rapides pour l'étude de la structure et de la dynamique des protéines

• Main Author: Schanda, Paul
• Language: ENG
• Published: 2007
• Subjects: [PHYS:PHYS:PHYS_BIO-PH] Physics/Physics/Biological Physics; RMN multidimensionnelle; Protéines; Relaxation longitudinale; Repliement de protéines; Effet Overhauser Nucléaire; Couplage Dipolaire Résiduel
• Online Access: http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00181457; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/18/14/57/PDF/paul_schanda_TEL.pdf; http://tel.archives-ouvertes.fr/docs/00/18/14/57/ANNEX/soutenance_schanda.pdf

La RMN multidimensionnelle (RMN-nD) est la méthode de choix pour l'étude structurale et dynamique des protéines en solution avec une résolution atomique. Une limitation de la RMN-nD est la longue durée de l'acquisition: le temps d'acquisition du jeu de données nécessaire pour une étude structurale est souvent de l'ordre de plusieurs semaines. De plus des processus cinétiques, qui se passent à l'échelle de la seconde, ne sont pas accessibles aux études en temps réel par RMN-nD en utilisant les méthodes standards. Ce travail présente des développements méthodologiques qui visent à accélérer la RMN-nD en optimisant la relaxation longitudinale des protons amides. Les méthodes proposées permettent d'acquérir des spectres de corrélation 2D 1H-15N (3D 1H-15N-13C) en quelques secondes (quelques minutes). En plus, en combinaison avec des méthodes existantes (encodage spatial, encodage Hadamard), le temps d'acquisition pour des spectres 2D peut être réduit à une seconde. Des applications à l'étude de phenomène cinétiques des protéines sont montrées.<br />Cette thèse présente aussi une nouvelle expérience RMN qui permet d'évaluer rapidement la qualité d'un échantillon de protéine, et une nouvelle méthode pour mesurer des couplages dipolaires résiduels entre protons amides avec une meilleure sensibilité que les méthodes existantes.