Biyoteknolojinin Güncel Uygulamalarının Su Ürünleri Genetik Alanında Kullanılması: Yeni Nesil Dizileme Teknolojileri

• Main Author: Münevver Oral
• Format: Article
• Language: English
• Published: Fisheries Research Institute, Eğirdir 2018-12-01
• Series: Journal of Limnology and Freshwater Fisheries Research
• Subjects: fish genetics; next generation sequencing technologies; biotechnology; balık genetiği; yeni nesil dizileme teknolojileri; biyoteknoloji
• Online Access: https://dergipark.org.tr/tr/pub/limnofish/issue/41345/399545

Geride bıraktığımız elli yıllık süreçte DNA dizi bilgisinin belirlenmesine yönelik muazzam çaba gösterilmiştir. Geliştirilen teknikler sayesinde kısa oligonukleotidlerden milyonlarca nükleotidlik tüm genom dizilemelerini tek reaksiyonda okuyabilen platformlara geçilmiştir. Bu ilerlemeler, Yeni Nesil Dizileme (YND) teknolojilerinin piyasaya sürülmesi ile gerçekleşmiştir. Kullanılan yöntemler, temelde bir genomun indirgenmiş temsilini oluşturan rastgele kütüphaneler (RADseq, ddRADseq, 2bRADseq, CROPS ve RRL) ile belli bir bölgeyi hedef alan kütüphaneler (RNAseq) olmak üzere ikiye ayrılırlar. Örneklerin hazırlanma süreci kısaca, DNA dizisi çıkarılması hedeflenen türün genomunun restriksiyon ya da sonikasyon yöntemi ile parçalara ayrılarak bir DNA kütüphanesinin oluşturulması ve ardından yüksek üretim hacmine sahip dizileme ekipmanları ile yeni sentezlenen DNA parçalarının yüksek kapasitede (paralel olarak) dizilenmesi, takiben de tüm bu dizilerin bir araya getirilmesi (assembly making) şeklinde özetlenebilir. Bu derlemede, literatürde en fazla kullanılan ve restriksiyon temelli yöntemlerden olan RADseq ve ddRADseq yöntemleri odaklı örneklerin hazırlanması ve biyoinformatik analizleri ele alınmıştır. Ülkemizde potansiyeli henüz keşfedilmemiş olan YND teknolojilerinin su ürünleri genetik literatüründeki kullanım alanları: (i) referans genom haritaları oluşturma (fiziksel), (ii) genetik bağlantı haritalamaları (QTL haritalama), (iii) popülasyon genetiği ve filogeni, (iv) TNP chip dizaynında, (v) verifikasyon ve validasyon çalışmalarında, (vi) ıslah amaçlı genotipleme ile (vii) sürdürülebilir su ürünleri yetiştiriciliği ve çevresel etkinin en aza indirilmesi noktasında bilgilendirici genetik izlenebilirlik alt başlıklarında derlenmiştir.