| Summary: | Geride bıraktığımız elli yıllık süreçte DNA
dizi bilgisinin belirlenmesine yönelik muazzam çaba gösterilmiştir.
Geliştirilen teknikler sayesinde kısa oligonukleotidlerden milyonlarca
nükleotidlik tüm genom dizilemelerini tek reaksiyonda okuyabilen platformlara
geçilmiştir. Bu ilerlemeler, Yeni Nesil Dizileme (YND) teknolojilerinin
piyasaya sürülmesi ile gerçekleşmiştir. Kullanılan yöntemler, temelde bir
genomun indirgenmiş temsilini oluşturan rastgele kütüphaneler (RADseq,
ddRADseq, 2bRADseq, CROPS ve RRL) ile belli bir bölgeyi hedef alan kütüphaneler
(RNAseq) olmak üzere ikiye ayrılırlar. Örneklerin hazırlanma süreci kısaca, DNA
dizisi çıkarılması hedeflenen türün genomunun restriksiyon ya da sonikasyon
yöntemi ile parçalara ayrılarak bir DNA kütüphanesinin oluşturulması ve
ardından yüksek üretim hacmine sahip dizileme ekipmanları ile yeni sentezlenen
DNA parçalarının yüksek kapasitede (paralel olarak) dizilenmesi, takiben de tüm
bu dizilerin bir araya getirilmesi (assembly making) şeklinde
özetlenebilir. Bu derlemede, literatürde en fazla kullanılan ve restriksiyon
temelli yöntemlerden olan RADseq ve ddRADseq yöntemleri odaklı örneklerin
hazırlanması ve biyoinformatik analizleri ele alınmıştır. Ülkemizde potansiyeli
henüz keşfedilmemiş olan YND teknolojilerinin su ürünleri genetik
literatüründeki kullanım alanları: (i) referans genom haritaları oluşturma
(fiziksel), (ii) genetik bağlantı haritalamaları (QTL haritalama), (iii)
popülasyon genetiği ve filogeni, (iv) TNP chip dizaynında, (v) verifikasyon ve
validasyon çalışmalarında, (vi) ıslah amaçlı genotipleme ile (vii)
sürdürülebilir su ürünleri yetiştiriciliği ve çevresel etkinin en aza
indirilmesi noktasında bilgilendirici genetik izlenebilirlik alt başlıklarında
derlenmiştir.
|
|---|
