| Summary: | <p><em>Moniliophthora perniciosa</em>, agente causante de la 'escoba de bruja' en cacao (<em>Theobroma cacao</em>), presen- ta una elevada variabilidad genética y discrepancias en su taxonomía y es una de las enfermedades más importantes en plantaciones cacaoteras que ocasiona pérdidas económicas a nivel mundial cer- canas a 70%, y de 40% a nivel nacional. La caracterización de la diversidad genética de los biotipos es importante para la ejecución de proyectos encaminados al manejo de este patógeno y el desarrollo de materiales resistentes de cacao. En este estudio se analizaron 12 aislamientos del hongo obtenidos de diferentes materiales de cacao. Cada una de las muestras se evaluó con marcadores moleculares que tienen como blanco una región del ADN ribosomal (ADNr) nuclear conocida como ITS (Internal Trans- cribed Spacer), una región intergénica (IGS-1) y cinco secuencias simples repetidas (SSR). El marcador IGS-1 permitió la determinación del biotipo C, no obstante se encontró una variabilidad genética evi- dente dentro de este biotipo, aún no registrada. El análisis de la diversidad genética de <em>M. perniciosa </em>por medio de marcadores microsatélite arrojó un valor total de 0.4260, una heterocigosidad total de</p> <p>0.6143 y un Indice de información polimórfica (PIC) de 0.3407, valores considerados de rango medio a</p> alto para los aislamientos estudiados y que estiman la variabilidad genética presente en <em>M. perniciosa.</em>
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