واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L.
بارکدگذاری DNA یکی از روش‌های رو به گسترش در سیستماتیک مولکولی برای شناسایی گونه‌ها است. ناحیۀ psbA-trnH یکی از متغیرترین نواحی غیر کدشوندۀ ژنوم کلروپلاستی و بارکد DNA استانداردی برای گونه‌های گیاهی است؛ با این حال، وجود واژگونی‌های درون‌گونه‌ای، استفاده از این قطعه را به‌عنوان بارکد DNA مناسب محدود...
| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
University of Isfahan
2019-05-01
|
| Series: | Taxonomy and Biosystematics Journal |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://tbj.ui.ac.ir/article_24853_69930d5f0d3606b689dfe3c41fbda0c6.pdf |
| id |
doaj-a5c16e0931b24ae78aff5978b509f40f |
|---|---|
| record_format |
Article |
| spelling |
doaj-a5c16e0931b24ae78aff5978b509f40f2021-07-12T05:47:01ZfasUniversity of IsfahanTaxonomy and Biosystematics Journal2008-89062322-21902019-05-011138799010.22108/tbj.2019.117393.109024853واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L.مریم احمدی0حجت اله سعیدی1سید منصور میرتاج الدینی2گروه زیست شناسی، دانشکده علوم، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایراندانشیار گروه زیست‌شناسی گیاهی و جانوری، دانشگاه اصفهان، اصفهان، ایراناستادیار گروه زیست‌شناسی، دانشکدۀ علوم، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایرانبارکدگذاری DNA یکی از روش‌های رو به گسترش در سیستماتیک مولکولی برای شناسایی گونه‌ها است. ناحیۀ psbA-trnH یکی از متغیرترین نواحی غیر کدشوندۀ ژنوم کلروپلاستی و بارکد DNA استانداردی برای گونه‌های گیاهی است؛ با این حال، وجود واژگونی‌های درون‌گونه‌ای، استفاده از این قطعه را به‌عنوان بارکد DNA مناسب محدود کرده است. در پژوهش حاضر، تأثیر این تغییرات ساختاری بر شناسایی گونه‌های گروه Capparis spinosa شامل C. spinosa، C. parviflora، C. mucronifolia و C. cartilaginea، بررسی شد. هم‌ردیف‌سازی ترادف‌های این قطعه در 25 نمونه، شامل 4 گونه از این گروه و 3 گونۀ دیگر از جنس Capparis انجام شد. نتایج حاصل نشان داد چندشکلی درون‌گونه‌ای در دو ناحیه از قطعۀ psbA-trnH در گروه C. spinosaوجود دارد و حدود 8 درصد از طول این ناحیه را در بر گرفته است. تحلیل داده‌ها نشان داد شناسایی‌نکردن این واژگونی‌ها منجر به تخمین بیش از حد واگرایی درون‌گونه‌ای، کاهش واگرایی بین‌گونه‌ای و ناتوانی توالی psbA-trnH در شناسایی تاکسون‌های خویشاوند می‌شود و استفاده از توالی مکمل معکوس تا حدودی این مشکل را کاهش می‌دهد. براساس نتایج این پژوهش، پیشنهاد می‌شود نمونه‌برداری از دامنۀ جغرافیایی وسیعی ممکن است تنوعات مولکولی درون یک گونه را بهتر نمایان کند و کارآیی یک بارکد DNA را افزایش دهد. واژه‌های کلیدی: Capparis spinosa، واژگونی‌های درون‌گونه‌ای،psbA-trnH.https://tbj.ui.ac.ir/article_24853_69930d5f0d3606b689dfe3c41fbda0c6.pdfواژه‌های کلیدی: capparis spinosaواژگونی‌های درون‌گونه‌ایpsba-trnh |
| collection |
DOAJ |
| language |
fas |
| format |
Article |
| sources |
DOAJ |
| author |
مریم احمدی حجت اله سعیدی سید منصور میرتاج الدینی |
| spellingShingle |
مریم احمدی حجت اله سعیدی سید منصور میرتاج الدینی واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. Taxonomy and Biosystematics Journal واژه‌های کلیدی: capparis spinosa واژگونی‌های درون‌گونه‌ای psba-trnh |
| author_facet |
مریم احمدی حجت اله سعیدی سید منصور میرتاج الدینی |
| author_sort |
مریم احمدی |
| title |
واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. |
| title_short |
واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. |
| title_full |
واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. |
| title_fullStr |
واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. |
| title_full_unstemmed |
واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psbA-trnH و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه Capparis spinosa L. |
| title_sort |
واژگونی درون‌گونه‌ای در ناحیۀ psba-trnh و تأثیر آن در بارکدگذاری: مطالعۀ موردی گروه capparis spinosa l. |
| publisher |
University of Isfahan |
| series |
Taxonomy and Biosystematics Journal |
| issn |
2008-8906 2322-2190 |
| publishDate |
2019-05-01 |
| description |
بارکدگذاری DNA یکی از روش‌های رو به گسترش در سیستماتیک مولکولی برای شناسایی گونه‌ها است. ناحیۀ psbA-trnH یکی از متغیرترین نواحی غیر کدشوندۀ ژنوم کلروپلاستی و بارکد DNA استانداردی برای گونه‌های گیاهی است؛ با این حال، وجود واژگونی‌های درون‌گونه‌ای، استفاده از این قطعه را به‌عنوان بارکد DNA مناسب محدود کرده است. در پژوهش حاضر، تأثیر این تغییرات ساختاری بر شناسایی گونه‌های گروه Capparis spinosa شامل C. spinosa، C. parviflora، C. mucronifolia و C. cartilaginea، بررسی شد. هم‌ردیف‌سازی ترادف‌های این قطعه در 25 نمونه، شامل 4 گونه از این گروه و 3 گونۀ دیگر از جنس Capparis انجام شد. نتایج حاصل نشان داد چندشکلی درون‌گونه‌ای در دو ناحیه از قطعۀ psbA-trnH در گروه C. spinosaوجود دارد و حدود 8 درصد از طول این ناحیه را در بر گرفته است. تحلیل داده‌ها نشان داد شناسایی‌نکردن این واژگونی‌ها منجر به تخمین بیش از حد واگرایی درون‌گونه‌ای، کاهش واگرایی بین‌گونه‌ای و ناتوانی توالی psbA-trnH در شناسایی تاکسون‌های خویشاوند می‌شود و استفاده از توالی مکمل معکوس تا حدودی این مشکل را کاهش می‌دهد. براساس نتایج این پژوهش، پیشنهاد می‌شود نمونه‌برداری از دامنۀ جغرافیایی وسیعی ممکن است تنوعات مولکولی درون یک گونه را بهتر نمایان کند و کارآیی یک بارکد DNA را افزایش دهد. واژه‌های کلیدی: Capparis spinosa، واژگونی‌های درون‌گونه‌ای،psbA-trnH. |
| topic |
واژه‌های کلیدی: capparis spinosa واژگونی‌های درون‌گونه‌ای psba-trnh |
| url |
https://tbj.ui.ac.ir/article_24853_69930d5f0d3606b689dfe3c41fbda0c6.pdf |
| work_keys_str_mv |
AT mrymạḥmdy wạzẖgwnydrwngwnhạydrnạḥyەpsbatrnhwtạtẖyrậndrbạrḵdgdẖạrymṭạlʿەmwrdygrwhcapparisspinosal AT ḥjtạlhsʿydy wạzẖgwnydrwngwnhạydrnạḥyەpsbatrnhwtạtẖyrậndrbạrḵdgdẖạrymṭạlʿەmwrdygrwhcapparisspinosal AT sydmnṣwrmyrtạjạldyny wạzẖgwnydrwngwnhạydrnạḥyەpsbatrnhwtạtẖyrậndrbạrḵdgdẖạrymṭạlʿەmwrdygrwhcapparisspinosal |
| _version_ |
1721307774000824320 |