Molecular epidemiology of the human group A rotavirus in the Paraná State, Brazil

• Main Authors: Jucélia Stadinicki dos Santos, Alice Fernandes Alfieri, José Paulo Gagliardi Leite, Irene Skraba, Amauri Alcindo Alfieri
• Format: Article
• Language: English
• Published: Instituto de Tecnologia do Paraná (Tecpar) 2008-04-01
• Series: Brazilian Archives of Biology and Technology
• Subjects: Diarrhea; Rotavirus; Diagnostic; PAGE; RT-PCR; Genotypes
• Online Access: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-89132008000200008

From January/2000 to December/2003, 550 diarrheic fecal samples from the children and adults were collected in several geographical regions of Paraná State, Brazil. The enzyme immunoassay showed 120 (21.8%) samples positive for the group A rotaviruses. One hundred and fourteen samples were genotyped by multiplex-nested-PCR assay. The highest frequency (77.5%) of the positive samples (n=93) was observed in the children under 5 years old. Rotavirus diarrhea was more frequent in the cold and dry seasons of the four evaluated years. The most frequent genotypes were: G1 (50.9%), G4 (9.6%), G9 (7.0%), G2 (1.7%), G3 (0.9%), P[ 8] (71.9%), and P[ 4] (3.5%). The P[ 8] G1 (46.5%) and P[ 8] G4 (9.6%) were the main combinations found to P and G genotypes. The mixed infections, characterized by the rotaviruses with more than one genotype G or P, and nontypeable rotavirus were observed in 8.8, 3.5, and 16.7% of the samples, respectively. The identification of the G9 genotype in the rotavirus strains tested along the four years of studies ratifies the emergency of this genotype also in Paraná State, South region of Brazil, as the worldwide.<br>No período de janeiro de 2000 a dezembro de 2003 foram colhidas, em várias regiões geográficas do Estado do Paraná, 550 amostras fecais de crianças e adultos com quadro clínico de diarréia aguda. Por meio de ensaio imunoenzimático comercial, 120 (21,8%) amostras foram positivas para o rotavírus grupo A. Dessas, 114 amostras foram genotipadas por meio da multiplex-nested-PCR. A maior freqüência (77,5%) de amostras positivas (n=93) foi observada em crianças menores de cinco anos de idade. A maior concentração de casos positivos para o rotavírus ocorreu nos meses frios e secos dos quatro anos avaliados. Os genotipos de maior ocorrência foram: G1 (50,9%), G4 (9,6%), G9 (7,0%), G2 (1,7%), G3 (0,9%), P[ 8] (71,9%) e P[ 4] (3,5%). P[ 8] G1 (46,5%) e P[ 8] G4 (9,6%) foram as associações de genotipos P e G mais encontradas. Infecções mistas, caracterizadas por estirpes de rotavírus com mais de um genotipo G, P e amostras não-genotipadas foram observadas, respectivamente, em 8,8, 3,5 e em 16,7% das amostras. De forma semelhante ao que vem ocorrendo em várias partes do mundo a identificação do genotipo G9 em estirpes de rotavírus identificadas ao longo dos quatro anos do estudo ratifica a emergência desse genotipo também no Estado do Paraná, Brasil.