RNA-Seq Data Analysis in Prokaryotes: A Review for Non-experts

• Main Authors: Andrés Eduardo Rodríguez Cubillos, Laura Perlaza-Jiménez, Adriana Jimena Bernal Giraldo
• Format: Article
• Language: English
• Published: Universidad Nacional de Colombia 2014-05-01
• Series: Acta Biológica Colombiana
• Subjects: analysis; experimental design; prokaryotes; RNA-Seq; análisis bioinformático; diseño experimental
• Online Access: https://revistas.unal.edu.co/index.php/actabiol/article/view/41010

ABSTRACT RNA-Seq is nowadays the method of choice for the sequencing of transcripts and transcriptomes in the field of molecular biology and gene expression assays. Until recently, this technique has allowed for the sequencing of RNA transcripts in an unprecedented scale and depth never reached in previous years; nevertheless, the reach and validity of the conclusions generated will depend strictly on an adequate experimental design and a robust analysis of the data. Given the inherent differences between prokaryotes and eukaryotes, the RNA-Seq analysis should take into account the type of organism studied. In this review we present the main factors to take into consideration when designing a consistent analysis for this type of data in prokaryotes, from the experimental design to the in silico analysis of the generated data. ANALIZANDO DATOS DE RNA-Seq EN PROCARIOTAS: UNA REVISIÓN PARA NO EXPERTOS RESUMEN La secuenciación de transcritos con RNA-Seq es hoy en día una de las técnicas más populares en los estudios transcriptómicos. Relativamente reciente, esta técnica ha permitido la secuenciación de transcritos de RNA en una escala y profundidad no alcanzada por otras técnicas anteriores. Sin embargo, el alcance de las conclusiones que se pueden sacar depende estrictamente de un proceso adecuado, desde el diseño experimental hasta el análisis bioinformático de los datos. Dadas las diferencias en el proceso transcripcional de las células eucariotas y procariotas, el análisis de RNA-Seq deberá tener ciertas consideraciones dependiendo del tipo de organismo estudiado. En esta revisión se exponen los principales factores a tener en cuenta para lograr un análisis de RNA-Seq consistente, replicable y concluyente, enfocándose específicamente en organismos procariotas