| Summary: | Le développement des activités humaines a conduit dans de nombreuses régions à une augmentation du transfert de sédiments fins vers les cours d’eau, multipliant les phénomènes de colmatage. Le colmatage fait référence au dépôt de sédiments organiques ou minéraux et à leur infiltration dans le benthos et l’hyporhéos. Dans cet article de synthèse, le colmatage par les sédiments minéraux est présenté du point de vue de ses mécanismes et de sa variabilité spatio-temporelle dans un schéma d’organisation global du cours d’eau. Le colmatage entraîne une modification des habitats benthique et interstitiel, ainsi que des échanges d’eau et de matières entre la surface et l’hyporhéos. Il affecte la structure du peuplement d’invertébrés en modifiant la structure et la stabilité du substrat, la disponibilité des ressources trophiques et de l’oxygène, ainsi que de la pression de prédation. Les conséquences à court terme sont une augmentation de la dérive et une réduction de l’abondance totale des organismes. Sur le long terme le colmatage affecte la survie, le développement et la croissance des invertébrés ainsi que la biomasse et la productivité du peuplement. Les espèces sensibles adaptées aux substrats grossiers disparaissent au profit des espèces adaptées aux sédiments fins. Les conséquences sur la faune hyporhéique sont peu connues mais l’importance de l’hyporhéos dans le fonctionnement du cours d’eau suggère que son altération pourrait avoir des conséquences importantes en terme de capacité de résilience du peuplement face aux perturbations.
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