ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم
مقدمه: واکنش PCR کمی در زمان واقعی (Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction یا qRT-PCR)، یک روش سریع، حساس و قابل اعتماد برای مقایسه‌ی بیان ژن‌ها می‌باشد که مستعد خطاهای تکنیکی فراوانی است. همچنین، استفاده از ژن‌های مرجع (خانه‌گردان) تاریخی، همیشه و در همه‌ی بافت‌ها من...
| Main Authors: | , , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Vesnu Publications
2016-03-01
|
| Series: | مجله دانشکده پزشکی اصفهان |
| Subjects: | |
| Online Access: | http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/5713 |
| id |
doaj-16af9ed0a48e499caa8d6324eebf2c3b |
|---|---|
| record_format |
Article |
| spelling |
doaj-16af9ed0a48e499caa8d6324eebf2c3b2020-11-25T00:28:49ZfasVesnu Publications مجله دانشکده پزشکی اصفهان1027-75951735-854X2016-03-0133367240724162130ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرمSeyed Morteza Javadirad0Zohreh Hojati1Kamran Ghaedi2Mohammad Hossein Nasr-Esfahani3Behzad Abbasy4PhD Student, Department of Biology, School of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, IranAssociate Professor, Department of Biology, School of Sciences, University of Isfahan, Isfahan, IranAssociate Professor, Department of Biology, School of Sciences, University of Isfahan AND Department of Cellular Biotechnology, Cell Science Research Center, Royan Institute for Biotechnology, Academic Center for Education, Culture and Research (ACER), Isfahan, IranProfessor, Department of Cellular Biotechnology, Cell Science Research Center, Royan Institute for Biotechnology, Academic Center for Education, Culture and Research (ACER) AND Isfahan Fertility and Infertility Center (IFIC), Isfahan, IranStudent, Department of Orology, School of Medicine, Isfahan University of Medical Sciences, Isfahan, Iranمقدمه: واکنش PCR کمی در زمان واقعی (Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction یا qRT-PCR)، یک روش سریع، حساس و قابل اعتماد برای مقایسه‌ی بیان ژن‌ها می‌باشد که مستعد خطاهای تکنیکی فراوانی است. همچنین، استفاده از ژن‌های مرجع (خانه‌گردان) تاریخی، همیشه و در همه‌ی بافت‌ها مناسب نمی‌باشد. در این مطالعه، به بررسی و انتخاب ژن(های) مرجع مناسب در بافت بیضه پرداخته شد تا بتوان از این ژن(های) مناسب برای انجام واکنش qRT-PCR استفاده کرد. روش‌ها: نمونه‌ی بافت بیضه از 15 مرد آزواسپرم غیر انسدادی (NOA یا Non-obstructive azoospermia) به عنوان گروه مورد و 15 مرد آزواسپرم انسدادی (OA یا Obstructive azoospermia) به عنوان گروه شاهد گرفته شد. با استفاده از نرم‌افزار Beacon designer 8.1 پرایمرهای مناسب برای چهار ژن مرجع Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)، Ribosomal protein L37 (RPL37)، Ring finger protein 1 (RING1) و Eukaryotic translation elongation factor 2 (eEF2) طراحی شد. بهینه‌سازی‌های قبل از انجام qRT-PCR، شامل کنترل مقدار RNA برای سنتز Complementary DNA (cDNA) و تعیین غلظت مناسب پرایمرها انجام شد. منحنی ذوب رسم گردید و مقادیر Quantitation cycle (Cq) استخراج شد. آنالیز میانگین Cq در دو گروه شاهد و مورد با استفاده از نرم‌افزار BestKeeper نسخه‌ی 1 انجام شد و ژن‌های مرجع مناسب انتخاب گردید. یافته‌ها: مقایسه‌ی میانگین Cq بین دو گروه NOA و OA حاکی از آن بود که دو ژن RPL37 و GAPDH به ترتیب با انحراف معیار 39/1 و 67/1 کمترین تغییرات را در بین چهار ژن مرجع کاندیدا نشان داد. بنا بر این، دو ژن RPL37 و GAPDH، به ترتیب با مقادیر r برابر با 959/0 و 927/0، به عنوان مناسب‌ترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه انتخاب شد. نتیجه‌گیری: دو ژن RPL37 و GAPDH به ترتیب، مناسب‌ترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه هستند و برای مطالعه‌ی بیان ژن‌ها با استفاده از روش qRT-PCR مناسب می‌باشند.http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/5713Reference geneTestisReal-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (qRT-PCR)BestKeeper software |
| collection |
DOAJ |
| language |
fas |
| format |
Article |
| sources |
DOAJ |
| author |
Seyed Morteza Javadirad Zohreh Hojati Kamran Ghaedi Mohammad Hossein Nasr-Esfahani Behzad Abbasy |
| spellingShingle |
Seyed Morteza Javadirad Zohreh Hojati Kamran Ghaedi Mohammad Hossein Nasr-Esfahani Behzad Abbasy ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم مجله دانشکده پزشکی اصفهان Reference gene Testis Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (qRT-PCR) BestKeeper software |
| author_facet |
Seyed Morteza Javadirad Zohreh Hojati Kamran Ghaedi Mohammad Hossein Nasr-Esfahani Behzad Abbasy |
| author_sort |
Seyed Morteza Javadirad |
| title |
ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم |
| title_short |
ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم |
| title_full |
ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم |
| title_fullStr |
ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم |
| title_full_unstemmed |
ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم |
| title_sort |
ارزیابی پایدارترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه‌ی مردان آزواسپرم |
| publisher |
Vesnu Publications |
| series |
مجله دانشکده پزشکی اصفهان |
| issn |
1027-7595 1735-854X |
| publishDate |
2016-03-01 |
| description |
مقدمه: واکنش PCR کمی در زمان واقعی (Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction یا qRT-PCR)، یک روش سریع، حساس و قابل اعتماد برای مقایسه‌ی بیان ژن‌ها می‌باشد که مستعد خطاهای تکنیکی فراوانی است. همچنین، استفاده از ژن‌های مرجع (خانه‌گردان) تاریخی، همیشه و در همه‌ی بافت‌ها مناسب نمی‌باشد. در این مطالعه، به بررسی و انتخاب ژن(های) مرجع مناسب در بافت بیضه پرداخته شد تا بتوان از این ژن(های) مناسب برای انجام واکنش qRT-PCR استفاده کرد.
روش‌ها: نمونه‌ی بافت بیضه از 15 مرد آزواسپرم غیر انسدادی (NOA یا Non-obstructive azoospermia) به عنوان گروه مورد و 15 مرد آزواسپرم انسدادی (OA یا Obstructive azoospermia) به عنوان گروه شاهد گرفته شد. با استفاده از نرم‌افزار Beacon designer 8.1 پرایمرهای مناسب برای چهار ژن مرجع Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH)، Ribosomal protein L37 (RPL37)، Ring finger protein 1 (RING1) و Eukaryotic translation elongation factor 2 (eEF2) طراحی شد. بهینه‌سازی‌های قبل از انجام qRT-PCR، شامل کنترل مقدار RNA برای سنتز Complementary DNA (cDNA) و تعیین غلظت مناسب پرایمرها انجام شد. منحنی ذوب رسم گردید و مقادیر Quantitation cycle (Cq) استخراج شد. آنالیز میانگین Cq در دو گروه شاهد و مورد با استفاده از نرم‌افزار BestKeeper نسخه‌ی 1 انجام شد و ژن‌های مرجع مناسب انتخاب گردید.
یافته‌ها: مقایسه‌ی میانگین Cq بین دو گروه NOA و OA حاکی از آن بود که دو ژن RPL37 و GAPDH به ترتیب با انحراف معیار 39/1 و 67/1 کمترین تغییرات را در بین چهار ژن مرجع کاندیدا نشان داد. بنا بر این، دو ژن RPL37 و GAPDH، به ترتیب با مقادیر r برابر با 959/0 و 927/0، به عنوان مناسب‌ترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه انتخاب شد.
نتیجه‌گیری: دو ژن RPL37 و GAPDH به ترتیب، مناسب‌ترین ژن‌های مرجع در بافت بیضه هستند و برای مطالعه‌ی بیان ژن‌ها با استفاده از روش qRT-PCR مناسب می‌باشند. |
| topic |
Reference gene Testis Real-time quantitative reverse transcriptase-polymerase chain reaction (qRT-PCR) BestKeeper software |
| url |
http://jims.mui.ac.ir/index.php/jims/article/view/5713 |
| work_keys_str_mv |
AT seyedmortezajavadirad ạrzyạbypạydạrtrynzẖnhạymrjʿdrbạftbyḍhymrdạnậzwạsprm AT zohrehhojati ạrzyạbypạydạrtrynzẖnhạymrjʿdrbạftbyḍhymrdạnậzwạsprm AT kamranghaedi ạrzyạbypạydạrtrynzẖnhạymrjʿdrbạftbyḍhymrdạnậzwạsprm AT mohammadhosseinnasresfahani ạrzyạbypạydạrtrynzẖnhạymrjʿdrbạftbyḍhymrdạnậzwạsprm AT behzadabbasy ạrzyạbypạydạrtrynzẖnhạymrjʿdrbạftbyḍhymrdạnậzwạsprm |
| _version_ |
1725334252107595776 |